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冷泉港的鱼

银虫 (小有名气)

[交流] 大家来探讨下分子生物学、微生物学、遗传学等生物类专业必须掌握的技能及软件有哪些? 已有5人参与

大家来探讨下分子生物学、微生物学、遗传学等生物类专业必须掌握的技能及软件有哪些?



也就是生物类的专业,必须要掌握哪些技能和软件。

希望大家来探讨一下~~~哈哈。谢谢。
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cnlics

木虫 (小有名气)

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amisking(金币+9,VIP+0): 10-12 08:17
可以说相关软件多如牛毛,关键看你做什么课题,还取决于你处理数据量的大小和你所用的设备来源。

一般来说,一个小实验室中用来看看序列什么的可以用Chromas,DNAstar,DNAedit,DNAman,VectorNTI等,尤其是VectorNTI,可以提供数据库功能,也可以进行BLAST,multiple Alignment等运算,最适合一般的高校、研究所实验室使用。引物设计一般用PremierPrimer,Oligo等;画质粒用Simvector等;

以蛋白质为研究对象的实验室,还需要一些特定的可以看分子3D结构的软件,比如Rasmol,DeepViewer等免费软件,一些华丽软件如Chemoffice,MaterialStudio,Sybyl,InsightII等也是选择。

搞核磁的,少不了Feelix;搞质谱的,少不了GPMAW;搞家系的,少不了Pedigree之类的软件。

搞测序的,最好有个Linux平台,上面有GeneScan,Seqlab,GCG包等软件。用Pipeline可以把很多工序串起来实现自动化。

文献管理工具,肯定是ENDnote,至少这个东西,在大多数杂志的引用链接页面上,是最上面的那个,用起来方便。其他的RM等等也不错。还有个相关工具是RefViz,也是必用工具。

10多年前,国内还有人做很不错的软件,现在似乎没有人做了。都是国外的东西。

随便写了点,期待有全面的介绍。
3楼2009-10-12 00:29:16
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churmi

银虫 (正式写手)

嗯,多学学!
2楼2009-10-11 23:33:11
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冷泉港的鱼

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2009-10-12 00:29:
可以说相关软件多如牛毛,关键看你做什么课题,还取决于你处理数据量的大小和你所用的设备来源。

一般来说,一个小实验室中用来看看序列什么的可以用Chromas,DNAstar,DNAedit,DNAman,VectorNTI等,尤其是V ...

非常感谢您的介绍,太赞了,真是博学~~~
4楼2009-10-13 09:00:43
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feilr

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
国内现在也有一家公司在写生物软件,重庆诺京生物信息技术有限公司,他们的产品包括NoeClone, NoePrimer和Seqcorator, 详情见下:
Seqcorator:先进的序列图形化修饰和展示软件。Seqcorator是一款全新的生物序列展示软件。Seqcorator先进的序列图形化展示功能,为实验设计,信息整合,海量内容展示以及绘制文献中高质量的图形提供了前所未有的灵活性和强大功能。
NoeClone: 克隆设计,管理和展示的先进虚拟克隆实验室。围绕熟悉的克隆项目进行设计, NoeClone组织了克隆流程,包括多图谱克隆流程图,电子克隆,先进的序列修饰,双向序列图谱协调,电子PCR,凝胶模拟以及许多常用的分析功能。

NoePrimer:界面精美清晰,操作简便的引物设计软件。NoePrimer为PCR引物设计带来了从未有过的简单方便。除了拥有常用的引物搜索和分析功能外,NoePrimer还拥有独特的高通量引物设计以及多分子和多重PCR引物设计功能
5楼2009-10-13 11:01:24
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