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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 放线菌16SrDNA分析测序只有960个碱基
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zhaohui-eric

木虫 (著名写手)

[交流] 放线菌16SrDNA分析测序只有960个碱基

各位高手有没有做放线菌分子鉴定的呀，我的用1492r和27f测得序列只有960，还能不能进行BLST分析和建树啊，敬请高手指点，原来我测得细菌的都是1200以上，为何这次缺这么多呀，与我没有克隆再去测序有关系吗，我是直接用PCR产物采用回收试剂盒回收后寄样测得。
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1楼 2009-10-10 17:10:14
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
★
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是不是只测了一个反应？
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2楼2009-10-10 17:56:14
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lishu2003528

新虫 (初入文坛)
★ ★
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amisking(金币+1,VIP+0): 10-10 21:01
没关系的，960个碱基足够建进化树了。500个碱基我都建过。或者你计算个同源性也可以了。至少我是那么弄得，答辩时老师都没疑问。
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3楼2009-10-10 20:57:49
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fungi1205

金虫 (正式写手)
★
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我是直接用PCR产物采用回收试剂盒回收后寄样测得
为什么不做克隆得到全片段呢？
严谨来讲，还是全序列比对得好哦~
虽然现在也可以建树~
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加油，发挥人生最大的热量温暖身边的人
4楼2009-10-18 02:02:38
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