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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » autodock可以做金属离子直接和蛋白酶对接吗
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sunshenmei

铁虫 (初入文坛)

[求助] autodock可以做金属离子直接和蛋白酶对接吗 已有1人参与

我的蛋白A没有结晶过的，用alphafold预测出来的是单体形式，根据文献报道这类蛋白都是铁离子依赖的，我想模拟A和底物的对接，金属离子怎么先对接到A蛋白，autodock可以直接做铁离子和A蛋白的对接吗？
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1楼 2023-10-18 14:41:07
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hui1989

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
vina 1.2版本仅能支持zn离子，其他金属目前是不支持的。Autodock是不支持的，但是可以搜寻目标离子的范德华半径等信息，添加到软件中能够准确实别，具体操作步骤百度一下就有。或者直接用Gold 软件，但是会有版权问题。
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2楼2023-10-21 11:11:04
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