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sunshenmei

铁虫 (初入文坛)

[求助] autodock可以做金属离子直接和蛋白酶对接吗 已有1人参与

我的蛋白A没有结晶过的,用alphafold预测出来的是单体形式,根据文献报道这类蛋白都是铁离子依赖的,我想模拟A和底物的对接,金属离子怎么先对接到A蛋白,autodock可以直接做铁离子和A蛋白的对接吗?
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hui1989

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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vina 1.2版本仅能支持zn离子,其他金属目前是不支持的。Autodock是不支持的,但是可以搜寻目标离子的范德华半径等信息,添加到软件中能够准确实别,具体操作步骤百度一下就有。或者直接用Gold 软件,但是会有版权问题。
2楼2023-10-21 11:11:04
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