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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】求三个物质的CCDC结构，要mol2文件！
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ppshanshanqiu

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求三个物质的CCDC结构，要mol2文件！

第一个是四溴代联苯醚，第二个和O相连的是S原子，没有标示的位置都是H
要CCDC导出来的晶体结构，并且以mol2为后缀名的文件，急需！谢谢！
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1楼 2009-10-10 10:42:04
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+0,VIP+0):不是吧……上次有个算配合物的，你让他找我。这次一个查晶体的，你又让他找我……我成了谷歌了…… 10-10 13:39
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):第一个我已经上传了，第二个和第三个你给他吧。呵呵 10-10 13:49
LZ先肯定一下CCDC中是否有这些，然后再向专家---小卒求教吧。本菜鸟试了一下5.28版，第一个好象没有，虽然借助网络已添加了09的各升级包，也许是版本太低了吧。
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2楼2009-10-10 13:16:40
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
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引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-10-10 13:16:
LZ先肯定一下CCDC中是否有这些，然后再向专家---小卒求教吧。本菜鸟试了一下5.28版，第一个好象没有，虽然借助网络已添加了09的各升级包，也许是版本太低了吧。

我先查查看，ccdc中未必有

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-10 at 13:41 ]
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3楼2009-10-10 13:38:56
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):呵呵呵呵，哪里哪里！你也是专家，第二个和第三个你都帮他吧，给你加钱！ 10-10 13:52
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-10-10 13:38:

不是吧……上次有个算配合物的，你让他找我。这次一个查晶体的，你又让他找我……我成了谷歌了……

专家就是专家，只会给专家添乱，这是菜鸟的菜处所致。
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4楼2009-10-10 13:43:31
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

第一个分子

★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 10-10 15:30
我没听说过mol2可以储存晶体文件啊
给你个标准格式的你自己转格式去吧
嗯
就这样吧
==cif文件开始==

data_CSD_CIF_IZAPAA
_audit_creation_date 2004-10-12
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD IZAPAA
_chemical_formula_sum 'C12 H6 Br4 O1'
_symmetry_cell_setting monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M 'P 21/c'
_symmetry_Int_Tables_number 14
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 x,1/2-y,1/2+z
3 -x,-y,-z
4 -x,-1/2+y,-1/2-z
_cell_length_a 8.5568(14)
_cell_length_b 13.822(2)
_cell_length_c 23.295(4)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 90.842(19)
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 8
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_radius_bond
C 0.68
H 0.23
Br 1.21
O 0.68
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
Br1 Br 0.22693(5) 0.10196(3) 0.44452(2)
Br2 Br 0.52395(5) 0.39502(3) 0.31748(1)
Br3 Br 0.52253(5) 0.12181(3) 0.64067(2)
Br4 Br 0.24658(5) 0.42158(3) 0.76947(1)
O1 O 0.3457(3) 0.21903(19) 0.54409(10)
C1 C 0.3833(4) 0.2666(3) 0.49348(13)
C2 C 0.3363(4) 0.2204(2) 0.44378(13)
C3 C 0.3774(4) 0.2603(3) 0.39112(13)
H1 H 0.34730 0.23000 0.35710
C4 C 0.4634(4) 0.3451(3) 0.38973(14)
C5 C 0.5106(4) 0.3904(3) 0.43928(14)
H2 H 0.57050 0.44650 0.43770
C6 C 0.4694(4) 0.3527(3) 0.49095(15)
H3 H 0.49850 0.38430 0.52470
C7 C 0.3318(4) 0.2734(3) 0.59426(14)
C8 C 0.4015(4) 0.2362(2) 0.64405(13)
C9 C 0.3764(4) 0.2815(3) 0.69600(12)
H4 H 0.42150 0.25690 0.72950
C10 C 0.2849(4) 0.3624(3) 0.69784(13)
C11 C 0.2181(4) 0.4006(3) 0.64834(14)
H5 H 0.15710 0.45620 0.65000
C12 C 0.2426(4) 0.3558(3) 0.59699(14)
H6 H 0.19840 0.38130 0.56360
Br5 Br 0.99674(5) 0.39707(3) 0.44242(2)
Br6 Br 0.71024(5) 0.10467(3) 0.30957(1)
Br7 Br 0.75034(5) 0.40544(3) 0.63759(2)
Br8 Br 1.07147(5) 0.11760(4) 0.76373(1)
O2 O 0.8506(3) 0.28639(19) 0.53846(9)
C13 C 0.8307(4) 0.2353(3) 0.48784(13)
C14 C 0.8853(4) 0.2795(2) 0.43851(13)
C15 C 0.8502(4) 0.2398(3) 0.38567(12)
H7 H 0.88300 0.26980 0.35220
C16 C 0.7648(4) 0.1539(3) 0.38309(13)
C17 C 0.7147(4) 0.1085(3) 0.43131(13)
H8 H 0.66000 0.05040 0.42890
C18 C 0.7469(4) 0.1503(3) 0.48358(14)
H9 H 0.71160 0.12080 0.51680
C19 C 0.8949(4) 0.2383(3) 0.58876(13)
C20 C 0.8620(3) 0.2870(2) 0.63954(13)
C21 C 0.9131(4) 0.2497(3) 0.69164(12)
H10 H 0.89350 0.28190 0.72590
C22 C 0.9943(4) 0.1631(3) 0.69128(14)
C23 C 1.0241(4) 0.1120(3) 0.64270(14)
H11 H 1.07470 0.05250 0.64450
C24 C 0.9768(4) 0.1511(3) 0.59041(15)
H12 H 0.99970 0.11910 0.55640

==cif文件结束==
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5楼2009-10-10 13:51:38
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 15:31
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-10-10 13:38:

我先查查看，ccdc中未必有

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-10 at 13:41 ]

先谢谢版主。俺菜鸟就是菜鸟，前面没查到是因为连结构也不会画。在版主的指导下又学习查了一下，第二个没查到，1和3倒是真有。存成MOL2格式（在FILE菜单中选择导出...，然后在最上面的FILE格式下拉列表中选择MOL2格式）。
第二个还是得高人下手了。
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6楼2009-10-10 14:27:51
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ppshanshanqiu

铜虫 (小有名气)
谢谢啊，呵呵，第二个有没有高手再帮我查下呢
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7楼2009-10-10 20:48:15
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ppshanshanqiu

铜虫 (小有名气)
另外前面有人提到用cif格式转换成mol2文件，不会啊，呵呵，有没有人懂的指点一下呢？另外，我想查这个晶体结构主要是想知道该物质的所有键长和键角以及二面角信息，除了这个方法还有没有其他方法呢？
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8楼2009-10-10 20:53:09
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-11 10:46
若有CCDC，在输出时可选择CIF或MOL2等其它格式。若按默认CIF格式输出后，可下载免费的mercury软件直接查看CIF文件的3D结构。
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9楼2009-10-11 10:35:38
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ppshanshanqiu

铜虫 (小有名气)
哦，明白了，呵呵，谢谢指点，另外，ls可否帮忙给我再找下第二个物质的结构呢？谢谢啦！
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10楼2009-10-11 11:02:09
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