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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】结构优化过程 程序运行中断
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zzy1123

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】结构优化过程 程序运行中断

WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV            1
  5.402047782120960E-005
WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV            1
  5.402047782120960E-005

log 文件给出这样的提示，然后程序就自动停止执行，请教高手这是为什么？要怎么解决？
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1楼 2009-10-10 10:23:05
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shengxiaohong

至尊木虫 (知名作家)

实验员
★ ★
zzy1123(金币+1,VIP+0):谢谢 10-10 12:03
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 10-10 21:48
没用过,应该看一下输入是否正确
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谌晓洪
2楼2009-10-10 10:41:07
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 10-17 17:33
同问一个问题，我在优化后做静态计算把CONTCAR copy成POSCAR后，为什么出现这个错误，原先的POSCAR都可以
vasp.4.6.36 17Feb09 complex
POSCAR found :  2 types and   16 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000004AE4C6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AA464  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000041CBE8  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415CBC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003A4DC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415BEA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000004AE4C6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AA464  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000041CBE8  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415CBC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003A4DC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415BEA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000004AE4C6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AA464  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000041CBE8  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415CBC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003A4DC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415BEA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000004AE4C6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AA464  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000041CBE8  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415CBC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003A4DC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415BEA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000004AE4C6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AA464  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000041CBE8  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415CBC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003A4DC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415BEA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000004AE4C6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AA464  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000041CBE8  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415CBC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003A4DC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415BEA  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000004AE4C6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AA464  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000041CBE8  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415CBC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003A4DC1C3FB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000415BEA  Unknown               Unknown  Unknown
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 1 with PID 396 on
node node4 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
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3楼2009-10-12 12:30:15
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akakcolin

金虫 (著名写手)
★ ★
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q! 鼓励讨论！ 10-13 14:20
zzy1123(金币+1,VIP+0):xiexie 10-15 07:50
段错误 非法访问内存 很难判断 好好检查输入文件和并行计算环境
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为人应当诚实正直不能心怀叵测心眼明亮才能迎来幸福避开灾祸盲目者若有人指点才不会迷失道路若单独上路就难以保证不误入岐途
4楼2009-10-13 00:22:46
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emily6526

铁虫 (初入文坛)
同问，我在做弛豫时也出现这样的问题。是不是要从新换算法？
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5楼2009-10-14 20:11:30
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1,VIP+0):谢谢解答 10-16 19:20
LZ的问题需要换个算法

3楼的问题，我也遇到过，感觉很莫名其妙。我有的时候换个文件夹或者重启一下机器就可以了。
赞一下(7人) 回复此楼
6楼2009-10-15 20:24:14
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
fegg7502(金币+1,VIP+0):thank you very much! 10-17 17:33
我的问题是把INCAR里面对称性设置错误，改成ISYM=0就可以了
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7楼2009-10-17 09:16:30
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hlshi

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
fegg7502(金币+1,VIP+0):thank you very much! 10-17 17:33
更换一下电子算法
引用回帖:
Originally posted by zzy1123 at 2009-10-10 10:23:
WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV            1
  5.402047782120960E-005
WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV            1
  5.402047782120960E-005

log 文件给出这 ...

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8楼2009-10-17 09:50:26
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hlshi

金虫 (正式写手)
★
aylayl08(金币+1,VIP+0):谢谢解答 10-17 10:21
可以把程序重新编译一下，改一下优化级别，
或者看一下ulimited
引用回帖:
Originally posted by wangzg9292 at 2009-10-12 12:30:
同问一个问题，我在优化后做静态计算把CONTCAR copy成POSCAR后，为什么出现这个错误，原先的POSCAR都可以
vasp.4.6.36 17Feb09 complex
POSCAR found :  2 types and   16 ions
LDA part: xc-table for Ce ...

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9楼2009-10-17 09:51:59
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