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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何用Gaussian简单地模拟几个相同分子的聚集状态？
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xtdut

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何用Gaussian简单地模拟几个相同分子的聚集状态？

我说的几个分子都是指两到五个相同的分子，我的计算步骤：
1.先优化单个分子的结构；
2.接着计算其频率，看其合理性（当然可以两步合作一步计算）；
3.将优化好的分子结构在GV中复制两个到五个，此时按无规排列，计算其单点能；
4.优化其结构，计算其频率，看其合理性。
5.计算单点能，并与第3步的能量比较，看其是否更低。
要是更低就说明其结构即为该分子聚集态可能存在的方式。
注：本组只是合成有机材料，想在分子设计时初步看看将要合成的材料分子的聚积状态对将来材料应用有没有影响，望大家指点。
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1楼 2009-10-09 12:41:11
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 17:34
要是不用MD让其动一动，人为的排布，可能性有N种。
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2楼2009-10-09 13:41:53
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 10-10 12:29
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-10-9 13:41:
要是不用MD让其动一动，人为的排布，可能性有N种。

楼上说得太对了
这不是高斯擅长的
应该求助于MD
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3楼2009-10-09 13:58:30
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 17:34
这个体系原子数和自由度对QM 来说太大,而对MD 来说又太小
用构象分析的方法试试看
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4楼2009-10-09 15:20:10
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匿名

用户注销 (著名写手)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 12:29
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5楼2009-10-10 11:41:11
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 10-10 12:41
见到这样一个例子，做一个配合物的组成测定时，按照传统的方法在溶液中测定结果是8配位的（有4个双齿配体），但形成晶体后，结果却是6配位的。这怎么解释？理论上，用QM or MD处理，哪种更合适？
也想学学MD，可是要解决具体问题的核心是针对特定体系力场的选择、修正或自编。看到一个法国博士做的配合物萃取MD，结果很好。但找不到他的自编力场文件来学习，所以只能望而兴叹。
望大侠们能指教指教含金属离子的力场文件编写常识。在此表示感谢了。
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6楼2009-10-10 12:38:04
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xtdut

银虫 (小有名气)

谢谢各位的回复

准备用MS算算了，因为是分子设计之初的想法，所以不可能有相似晶体数据可以查，不过还是要感谢您的回复。
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7楼2009-10-13 09:47:05
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