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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【讨论】关于symmetry(pg=?)命令的一个疑惑，向各位专家讨教
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【讨论】关于symmetry(pg=?)命令的一个疑惑，向各位专家讨教

向各位大侠请教一个问题：
以前很少用symmetry(pg=?)这个命令。前天看到hairan专家说他用symmetry(pg=?)从来没有成功过。于是我的兴趣就被激发出来了。

用了这个命令我做了一些测试：
（1）我的师弟magic6做了一个测试。他的一个分子的输入文件是D2对称性的。然后我要求他加上symmetry(pg=c2)进行优化（加“%kjob L301 1”控制字段和“#p”命令字段以达到测试目的，后来发现#p根本没派上用场，呵呵）。
（2）我自己以前做的一个C3h对称性的分子的输入文件，加nosymm的，我自己再调出来。对比着看了看。
（3）我自己以前做的一个C2v对称性的分子的输入文件，没加nosymm，我自己再调出来。对比着看了看。

结果如下：

（1）D2对称性分子，加symmetry(pg=c2)，在Framework这一栏中，显示如下：
Stoichiometry     C74H64N4O8   
Framework group   D2[C2(NCNCC.CCNCN),X(C68H64O8)]
Deg. of freedom   110
Full point group  D2

（2）C3h对称性分子，加nosymm，在Framework这一栏中，显示如下：
Stoichiometry     C60H84N30Pt6
Framework group   C3H[X(C60H84N30Pt6)]
Deg. of freedom   89
Full point group  C3H

（3）C2v对称性分子，没加nosymm，在Framework这一栏中，显示如下：
Stoichiometry     C92H16CoN8(2)
Framework group   C2V[C2(Co),SGV(C4N2),SGV'(C4N2),X(C84H16N4)]
Deg. of freedom   90
Full point group  C2V

三个文件对比看，有个问题就想问了：如果一个分子对称性较高，它会选择哪个轴来定低对称性的轴呢？举例来讲：如果一个D4d对称性的分子，我强制定为C2对称性进行优化，那么Gaussian将选择哪个C2轴来建立它的density matrix呢？——毕竟D4d分子有多个C2轴
还有个问题：在第一个测试中，“NCNCC.CCNCN”代表的是什么意思呢？
第三个问题：如果一个D4d对称性的分子，我强制定为C2对称性进行优化，能不能控制Gaussian用特定的对称轴来构建density matrix呢？
请诸位大侠不吝赐教

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-13 at 18:29 ]
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1楼2009-10-08 14:25:00
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
loovfnd(金币+1,VIP+0):感谢参与！ 10-9 08:08
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):我知道。我只是想探讨一下：如果让黑箱自己选择对称轴，它会怎么选 10-10 09:13
如果非要用低点群，可以加上一个小位移降低对称性，或者换程序——如pc-gamess/gamess(us)
赞一下(21人) 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
9楼2009-10-08 22:46:36
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
loovfnd(金币+2,VIP+0):感谢参与！ 10-8 18:21
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-10-8 14:25:
向各位大侠请教一个问题：
以前很少用symmetry(pg=?)这个命令。前天看到hairan专家说他用symmetry(pg=?)从来没有成功过。于是我的兴趣就被激发出来了。

用了这个命令我做了一些测试：
（1 ...

版主误解
我说用这个关键词没有成功过是针对那天争论的出现特殊错误的体系说的，意思是用这个关键词对那个错误不管用。
其他体系，比如D4h对称性分子降低到D2h对称性计算，我算过，可以进行
不过也有个别体系存在使用了这个关键词，程序还是判断为原有对称性的情况。
我感觉程序选择对称轴肯定是选那条对称性最高的轴，比如把D4h降低对称性的时候，肯定选择的是那条D4的轴，而不会去选择其他的D2或者C2轴。
这可能也是为什么很多分子无法用这个关键词降低对称性计算的原因，比如把D4h降为C2，沿D4轴有很多种可能的C2模式，程序不知道该选哪一个，然后就干脆还用D4h来计算。
至于如何让程序锁定这个轴，没有专门研究过。不敢妄论。

[ Last edited by hairan on 2009-10-8 at 17:21 ]
赞一下(11人) 回复此楼
据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
2楼2009-10-08 17:08:24
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
loovfnd(金币+2,VIP+0):感谢参与！ 10-8 18:21
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):有用有用！你说的太好了。我经常作为斑竹的身份去教训别人“去看高斯说明书中关于……的部分”，这次你也该狠狠教训我“去看GaussianIOP中关于……的部分” 10-9 10:55
对点群不在行，对高斯的对称性计算更是一头雾水（正在看资料学习呢）。
当体系有多个子群时，应该用一个选项来指定要哪一个吧。资料显示：
By using a lower symmetry than the molecule has there might be several equal
symmetry planes possible to use as main symmetry plane.
IOP(2/20) is needed to define which one is the main symmetry plane.

IOp(2/19)
Largest allowed point group, as Hollerith string.

IOp(2/20)
Number (1-3 for X-Z) of axis to help specify which subgroup of the type specified in IOp(19) to use.

[ Last edited by yytsnake on 2009-10-8 at 17:45 ]
赞一下(21人) 回复此楼
3楼2009-10-08 17:30:45
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个symmetry(pg=?)，我一般使用在，高对称性时有虚频，然后稍微降低一点对称性时优化。成功过
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莫强求！
4楼2009-10-08 18:22:37
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