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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教一个关于Clustal W 的问题
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pengxin8086

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 请教一个关于Clustal W 的问题

各位高手，想请教一个关于Clustal W 的问题，我就是在文献上见到人家用这个软件分析蛋白质的序列，得到如下的结果：
Sequence alignment using CLUSTAL W , shows that there is a higher sequence similarity between these two proteins and extended EF-hand proteins relative to sequences of compact proteins. Sequence identity of
bovine calmodulin is higher than 60% with sequences of extended structures while it is only 20% with sequences
of compact structures. In case of EhCABP, there is about 28% sequence identity with sequences of extended structures and only 15% with those for compact ones。
我就是想问怎么用这个软件得出两个或者多个蛋白质序列的相似性结果，具体来说就是怎么用这个软件得到蛋白质序列相似度（就是它们之间的相似百分数）。因为自己才开始学习这个软件，所以有些东西不太懂。在此先谢谢了！ 这篇文献是2008 Fractal aspects of calcium binding protein structures。
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1楼 2009-10-07 20:45:59
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boouy

银虫 (正式写手)
★
pengxin8086(金币+1,VIP+0):谢谢了 能否具体点？ 10-8 09:19
有相似矩阵结果，可以用bioedit等软件本地化完成。
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2楼2009-10-08 02:38:08
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pengxin8086

铁杆木虫 (著名写手)
boouy  你能否说的具体的？
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3楼2009-10-08 09:19:00
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boouy

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
pengxin8086(金币+1,VIP+0):谢谢了，看样子你理解错了我的意思，我是说要你用clustalW说具体一下。 10-11 20:11
amisking(金币+2,VIP+0): 10-12 08:15
引用回帖:
Originally posted by pengxin8086 at 2009-10-8 09:19:
boouy  你能否说的具体的？

attached!
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4楼2009-10-09 10:33:06
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boouy

银虫 (正式写手)
★ ★
pengxin8086(金币+2,VIP+0):哦，谢谢了！ 10-12 08:45
bioedit有clustalW功能，序列比对后可以查到相似矩阵结果。
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5楼2009-10-12 01:51:49
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