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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS画晶体结构
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syf0608

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS画晶体结构

用MS画晶体结构时：在导入cif文件后，building---bonds---connectivity options中的数值用不用调节，什么情况下需要调节？谢谢~~~
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1楼2009-10-05 15:25:53
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xirainbow

木虫 (正式写手)
★ ★
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qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 10-5 16:47
这个好像只是一个显示问题
跟计算没什么关系
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2楼2009-10-05 15:29:41
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77585218358

金虫 (正式写手)
★ ★
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qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 10-5 16:47
应该是先优化，看他的晶格参数和实验值差比较，差的较多那就有误。
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3楼2009-10-05 16:03:04
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Sunyf

铜虫 (初入文坛)
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引用回帖:
Originally posted by 77585218358 at 2009-10-5 16:03:
应该是先优化，看他的晶格参数和实验值差比较，差的较多那就有误。

在用MS优化时，是不是分子式大了就不能优化了？我优化小分子量的分子时可以，但在优化大分子量的分子时总是失败？？
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4楼2009-10-05 17:38:30
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freshgirl

木虫 (正式写手)
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qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 10-6 08:38
最好调节一下，不调节出来的成键形式是错的。

不过MS自带的很多模型也是错误的成键模式，比如SnO2。

不要太依赖成键图，反正和计算无关。但是和外人解释的时候，最好说明清楚。我今天就被严肃地问到这个问题。。。
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5楼2009-10-05 19:53:47
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syf0608

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by freshgirl at 2009-10-5 19:53:
最好调节一下，不调节出来的成键形式是错的。

不过MS自带的很多模型也是错误的成键模式，比如SnO2。

不要太依赖成键图，反正和计算无关。但是和外人解释的时候，最好说明清楚。我今天就被严肃地问到这个问题 ...

非常谢谢~~~有时候为了展示某物质的结构，必须要画出其成键模式，但矛盾的是：没有文献给出其成键模式，所以不太好用connectivity options调节其成键模式。

另外，请问：对于一个三斜晶系含143个原子的单胞，能不能用MS对其进行优化和计算能带呀？我在算的时候总是算不了，是不是原子多了就算不了？（对其他的小分子倒很容易算出来。）
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6楼2009-10-05 20:16:55
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by syf0608 at 2009-10-5 20:16:


非常谢谢~~~有时候为了展示某物质的结构，必须要画出其成键模式，但矛盾的是：没有文献给出其成键模式，所以不太好用connectivity options调节其成键模式。

另外，请问：对于一个三斜晶系含143个原子的单胞 ...

把错误提示内容贴出来，看是不是内存不够或者其他什么问题
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储氢家族欢迎储氢研究者！
7楼2009-10-06 10:23:01
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syf0608

铁杆木虫 (小有名气)
提示内容如下：
The job has failed.
Download any results generated so far?

(Results files will be permanently removed from Server)

请问有没有碰到类似的情况？谢新，我电脑内存条是2G的。
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8楼2009-10-06 19:47:28
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elexware

银虫 (小有名气)
★
freshgirl(金币+1,VIP+0):谢谢参与~ 10-7 23:01
应该是初始结构的问题。。
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其实一切都还好...
9楼2009-10-07 09:08:34
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syf0608

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by elexware at 2009-10-7 09:08:
应该是初始结构的问题。。

可以具体点吗？是原始.cif文件的问题还是MS中晶体结构的画法或设置有问题？谢谢~~~
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10楼2009-10-07 10:14:25
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