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染色质免疫共沉淀测序（ChIP seq） 已有1人参与
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染色质免疫共沉淀测序（ChIP seq） 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具和标准方法,主要应用于转录因子结合位点、组蛋白修饰、基因组甲基化以及核小体定位等研究。ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,已经成为这一领域的首选技术。 它的基本原理如图所示:在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslink)释放结合蛋白的DNA片段,最后对目的DNA片断进行纯化与文库构建,再通过高通量测序的方法获得蛋白质与DNA相互作用的信息。 • ChIP富集DNA • DNA质量检测:Qubit 3.0检测DNA样品浓度,Agilent 2100 Bioanalyzer检测DNA样品分布范围。 • DNA片段化(可选):采用超声波大段的方法将DNA片段化(根据客户需求)。 • 末端修复,加A,接头连接:在DNA分子两端引入接头序列及index序列。 • PCR富集  CR扩增富集文库片段。• 文库质检:Agilent 2100 Bioanalyzer检测文库大小分布,Qubit 3.0或荧光定量PCR测定文库浓度。 • 上机测序:根据数据量要求将文库pooling上机测序。 • 数据分析:下机数据由专业生物信息分析团队进行数据分析,提供全面数据分析报告。 样品要求 • 样品类型:ChIP富集的DNA。 • 样品量:ChIP DNA样品 ≥ 20 ng。 • 样品保存  NA样品:可将DNA溶于Nuclease Free 超纯水中,-20℃保存。样品保存期间避免反复冻融。• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,冷冻运输。 测序方案 测序模式 SE50 测序数据量 10M clean reads 生物信息分析内容 1 原始数据质控检查; 2 比对结果质控检查; 3 测序reads全基因组分布图; 4 结合峰鉴定; 5 结合峰基因元件分布; 6 差异结合峰检测; 7 差异结合峰相关基因GO功能富集分析; 8 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析; |
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