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【原创】Windows下使用Gaussian小结
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以前看文献时经常看到Gaussian，单位购买的是Materials Studio。为了重复文献工作，验证MS Dmol3优化结果，特别是想试试传说中特别精确的B3LYP函数。一周前开始尝试使用Gaussian，碰到很多问题，到处发贴询问，现在总算熟悉了一点。总结一下，希望给同样想在Windows下使用Gaussian的初学者提供一点参考。 一、Gaussian 03w几种版本的下载 二、Gaussian 03w的并行计算 三、Gaussian 03w与Materials Studio的连接 四、Gaussian 03w与Chem3D的连接 一、Gaussian 03w几种版本介绍 网上最容易找到并下载的是03w B01版本（Gaussian 03W-For Vc.rar），下载地址应该很好找。 其它版本比较难找，纳米盘之类的网站我基本上没有下载成功过。 我最后是从科学网下载到E01的（直接安装包，不是升级补丁）：http://www.sciencenet.cn/bbs/showpost.aspx?id=62263 在办公室一直下不了，可能是局域网通过代理浏览网页的原因。在家里用TD上网，虽然速度慢一点，下载还比较稳定。如果有人下不了，可以通过邮件或QQ传送文件。 昨天在单位服务器（Win2000 sp4）上安装G03w E01，无法计算，每次运行到l302.exe时就弹出报错对话框上写的是“Severe Error Message # 2070”，软件界面上的输出结果里看不到出错信息。难道不支持2000系统？，安装B01可以运行，但无法并行计算。刚刚在2000上用VMware安装一个虚拟精简版的xp，同样的问题。 二、Gaussian 03w的并行计算 感谢tangdy的帖子：http://www.mdbbs.org/viewthread. ... p;extra=&page=4 “E01可以并行的，把\G03W\Scratch\Default.Rou用记事本（一定要用记事本，utraedit不行）打开，然后在里面加入 -p- 4 （四核，双核为2），然后输入文件里面不要写%nproc，这样就可以采用共享内存模式并行。d01以上好像可以，我只试过e01版本，WinXP系统。” 补充说明：一个进程CPU占用可以达到100%，有点像WinRAR，而Materials Studio是分成几个相同名称的进程，加起来是100%。这可能就是内存共享模式。 B01版本是串行版本，只不过加上%nproce=n时不会报错而已，还是用的一个cpu核。 E01版本如果在输入文件里写%nproc=2，会提示出错：该本版是串行版本（%nproc=2 Will use up to 2 processors via shared memory. This is a serial version of G03.）。 三、Gaussian 03w与Materials Studio的连接 B01版本好像不能直接在MS里调用，运行后会很快报错，从菜单View->Project Log里可以看到，没有返回输出文件.gof。 可以通过在MS的Gaussian计算对话框里点File-Save File保存输入文件.ginf，然后用G03w打开（需显示所有文件）。生成的.out文件可以用GaussianView打开，保存为.mol文件，MS可以打开、导入和转换。 E01版本可以在MS里直接调用，但似乎不能使用并行计算。修改Default.Rou文件也没有用，可能MS没有用到这个配置文件。期待高手解决。 四、Gaussian 03w与Chem3D的连接 B01版本可以直接在Chem3D里调用，缺点是计算的时候Chem3D会完全占用一个CPU核（不显示计算进程也一样）。生成的.out文件可以用GaussianView打开，保存为.mol文件，Chem3D可以打开和转换。 [ Last edited by qiangwxr on 2009-10-10 at 10:33 ] |
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不好意思，刚才忘评价了。补上！ 
14楼2009-10-04 18:18:53
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):欢迎分享原创经验 10-4 13:57
yjcmwgk(金币-2,VIP+0):奖励金币也已并入第一帖 10-5 10:57
yjcmwgk(金币-2,VIP+0):奖励金币也已并入第一帖 10-5 10:57
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--deleted-- [ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-5 at 17:41 ] |
2楼2009-10-04 12:40:05
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):欢迎分享原创经验 10-4 13:57
yjcmwgk(金币-2,VIP+0):奖励金币也已并入第一帖 10-5 10:57
yjcmwgk(金币-2,VIP+0):奖励金币也已并入第一帖 10-5 10:57
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--deleted-- [ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-5 at 17:42 ] |
3楼2009-10-04 12:40:42
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-4 13:58
yjcmwgk(金币-2,VIP+0):奖励金币也已并入第一帖 10-5 10:57
yjcmwgk(金币-2,VIP+0):奖励金币也已并入第一帖 10-5 10:57
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--deleted-- [ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-5 at 17:42 ] |
4楼2009-10-04 12:41:06
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