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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分析单个粒子的二维运动，如何计算均方位移
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二刀浪举人

新虫 (初入文坛)

[求助] 分析单个粒子的二维运动，如何计算均方位移 已有1人参与

求助木虫的大神，本人分析单个粒子的二维运动，需要计算均方位移（MSD），目前已经通过追踪得到了粒子二维扩散的坐标信息。
没有编程基础，通过公式手算出来的MSD比文献中的数值大了三四个数量级，求解惑。
总的来说，诉求就是指导我怎么通过手算得出正确的MSD，或者教给我一个简单易行的工具算出MSD。

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1楼 2023-05-16 14:43:01
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atomrq

银虫 (小有名气)
粒子二维坐标是实验还是模拟的结果？

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高分子材料分子动力学模拟；软物质理论模拟
2楼2023-05-16 15:09:07
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二刀浪举人

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by atomrq at 2023-05-16 15:09:07
粒子二维坐标是实验还是模拟的结果？

是用image j 轨迹跟踪得出的数据

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3楼2023-05-16 17:22:52
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atomrq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
二刀浪举人: 金币+20, ★★★很有帮助 2023-05-20 10:23:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by 二刀浪举人 at 2023-05-16 17:22:52
是用image j 轨迹跟踪得出的数据
...

https://github.com/atomrq/simula ... e/Diffusion/_msd.py
这是我写的python代码，经过几种方法验证无误的

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高分子材料分子动力学模拟；软物质理论模拟
4楼2023-05-16 19:45:36
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二刀浪举人

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by atomrq at 2023-05-16 19:45:36
https://github.com/atomrq/simulab/blob/main/lib/tackle/Diffusion/_msd.py
这是我写的python代码，经过几种方法验证无误的
...

大佬，为啥网页打不开

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5楼2023-05-16 20:01:16
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atomrq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 二刀浪举人 at 2023-05-16 20:01:16
大佬，为啥网页打不开
...

You should cross the Great Fire Wall, with a ladder.
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二刀浪举人
高分子材料分子动力学模拟；软物质理论模拟
6楼2023-05-16 20:14:18
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atomrq

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by atomrq at 2023-05-16 20:14:18
You should cross the Great Fire Wall, with a ladder....

If the calculation is reasonably paid, I can offer the code to calculate MSD with several methods, precisely and efficiently.
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二刀浪举人
高分子材料分子动力学模拟；软物质理论模拟
7楼2023-05-16 20:17:30
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二刀浪举人

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by atomrq at 2023-05-16 20:14:18
You should cross the Great Fire Wall, with a ladder....

好的 感谢大佬 我先自己试着弄一下
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8楼2023-05-16 20:52:08
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二刀浪举人

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by atomrq at 2023-05-16 20:17:30
If the calculation is reasonably paid, I can offer the code to calculate MSD with several methods, precisely and efficiently....

大佬，程序能运行了，请问怎么导入数据呢/:@)

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9楼2023-05-19 16:03:04
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kiwi!

金虫 (正式写手)
算出来了嘛？很想知道

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10楼2024-03-13 23:15:02
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