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seeyou0

新虫 (小有名气)

[交流] 抽提真菌基因组总是有杂物

我抽提的真菌基因组跑出的电泳条带总是拖尾很严重,不知道是DNA断裂太严重还是蛋白没抽干净。我试着动作放轻,每次溶液混匀都是颠倒4,5次,用酚氯仿抽蛋白时,靠近界面处的上清液就没敢要了,宁肯浪费一点也不要混进蛋白,可是电泳结果没有改变。
我用的方法是液氮研磨菌体,加抽提buffer后用酚氯仿抽提一次,离心取上清,加异丙醇沉淀DNA,沉淀用水溶后加RNase消化,再用酚氯仿抽提一次,用乙醇沉淀得到基因组。
下图是失败的电泳照片,最右边的2个泳道是我抽提的基因组(2种不同菌),中间的marker最大是15000
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷


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有拖尾不应该是蛋白质污染,蛋白质分子量太大,一般很难跑出点样孔,很可能是RNase没取作用,拖尾的是RNA,也可能是DNA断裂。
不知道你的RNase配置的时候除迹量的DNase没,如果没有,很可能导致DNA断裂。
ps:图片看不见。
Thank-you,so-blue.
2楼2009-09-30 09:00:33
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
没图没真相~不知道具体情况

正常的gDNA一般在23kb左右(自然断裂),如果在这个位置没有明显的条带,说明降解了,或者提取过程操作有问题。

RNA...一般不会形成拖尾吧?跑得最靠前的一坨才会是RNA。
3楼2009-09-30 15:57:23
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