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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 想请教一下关于噬菌体的生物信息学分析的问题
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是辣辣

新虫 (初入文坛)

[求助] 想请教一下关于噬菌体的生物信息学分析的问题 已有1人参与

1.噬菌体进化树序列的筛选是用ncbi上blast出来的序列就可以达到建树的目的了吗，还是需要找其他菌属的噬菌体序列一起构建进化树，该怎么选择？
2.做噬菌体的比较基因组学，应该选择什么样的序列去和目的噬菌体比较呢？
对于这方面的知识还是菜鸟，希望大家帮帮忙解答~拜托了

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1楼 2023-05-03 17:44:53
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W_YinShi

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我想回答第一个问题，但因为我不是研究基因组学的，所以不能回答第二个问题。
用你自己的噬菌体序列在NCBI中BLAST得到的结果中，大多和你自己所研究的噬菌体亲缘关系较近，可能皆为同属甚至同种；所以如果想建立系统发育关系，还需要进一步找到不同属以及更高阶元的噬菌体物种的同源片段序列；找序列可以参考相近研究文献中所使用的物种序列号，这可以在文献的树图或者后附的SI中找到。

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2楼2023-05-03 20:51:13
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是辣辣

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by W_YinShi at 2023-05-03 20:51:13
我想回答第一个问题，但因为我不是研究基因组学的，所以不能回答第二个问题。
用你自己的噬菌体序列在NCBI中BLAST得到的结果中，大多和你自己所研究的噬菌体亲缘关系较近，可能皆为同属甚至同种；所以如果想建立系统 ...

好的，我明白了！感谢老师的指导！！！

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3楼2023-05-04 22:05:38
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