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药物人自学Rosetta困难多怎么办？？
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rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用 一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计 目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。 1 蛋白质折叠与结构预测简介 1.1 主链二面角与二级结构 1.2 侧链堆积与三级结构 2 蛋白质设计简介 2.1 蛋白质设计的分类及应用 am10:00~10:50 二. rosetta基础 三. 蛋白质结构viewer 、linux和python基础教学 目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用pymol或chimerax查看蛋白质结构。 3 pose/mover/scorefunction 4 linux 入门命令 4.1 用户属组及权限 目录文件属性 4.2 linux基础命令 环境变量 4.3 shell常用命令练习 4.4 conda介绍 四．结构扰动与结构优化 五．序列设计packrotamer和fastdesign 目标：了解rosetta封装好的应用（以relax为例）和rosettascript编写应用（以pack/min/pack为例）。 5 minmover, mc mover, fastrelax mover 5.1 movemap 6 rosettascript组成和要素 6.1 filter residueselector taskoperation 6.2 dssp/disulfidize mover 六. 蛋白-蛋白对接基础 目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。 7 translat和rotation mover 7.1 low resolution的全局搜索 7.2 high resolution的精细调整 7.3 foldtree 七. 抗体设计 目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握rabd常用命令 8 抗体结构文件的处理 8.1 pyigclassify 8.2 抗体抗原对接模型 8.3 cdr区优化 8.4 framework区优化 案例实践：Ø ssd和msd设计任务 八. cartisenddg 突变扫描 九. rosettascript应用 目标：熟悉rosettascript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。 9 序列与结构设计 9.1 input和output flags控制输入输出 9.2 cleanatom结构预处理 9.3 rosettaclash.log和 rosettacommons 9.4 resfile等辅助文件 9.5 小改中改与大改 9.6 练习答疑 案例实践：Ø fastdesign设计任务  了解更多 请关注公众号：第一性原理计算与应用 |
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