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WSW_Alone木虫 (著名写手)
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如何生成匹配usearch的silva138数据库，注释16S高通量测序序列用。
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silva数据库最新版本为138.1，文献中常用的为138版(https://www.arb-silva.de/no_cach ... lease_138/Exports/)。 因为本人高通量数据分析流程采用了刘永鑫老师的Easyamplicon，其中注释用数据库是usearch自带的数据库，目前usearch自带的最新silva数据库是123版本（https://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html），没有138版或者138.1版。 github里面找到了一个博主jameslz(没有留下联系邮箱)关于生成匹配usearch的silva138数据库的帖子(https://github.com/jameslz/proto ... -SILVA138-fasta.md)，但是里面有一个silva-tk命令ubantu无法识别。 特此请各位大佬指点迷津 如何生成匹配usearch的silva138数据库 |
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楼主，刘永鑫老师团队有更新，数据库百度网盘下载链接： https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 文件路径 : db/amplicon/silva/SILVA_modified.fasta |
5楼2025-11-10 14:11:55