| 查看: 2848 | 回复: 4 | ||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者WSW_Alone将赠送您 200 个金币 | ||
WSW_Alone木虫 (著名写手)
|
[求助]
如何生成匹配usearch的silva138数据库，注释16S高通量测序序列用。
|
|
|
silva数据库最新版本为138.1，文献中常用的为138版(https://www.arb-silva.de/no_cach ... lease_138/Exports/)。 因为本人高通量数据分析流程采用了刘永鑫老师的Easyamplicon，其中注释用数据库是usearch自带的数据库，目前usearch自带的最新silva数据库是123版本（https://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html），没有138版或者138.1版。 github里面找到了一个博主jameslz(没有留下联系邮箱)关于生成匹配usearch的silva138数据库的帖子(https://github.com/jameslz/proto ... -SILVA138-fasta.md)，但是里面有一个silva-tk命令ubantu无法识别。 特此请各位大佬指点迷津 如何生成匹配usearch的silva138数据库 |
回复此楼» 猜你喜欢
河北省自然科学基金
已经有8人回复
-
西安交大新媒学院副院长用撤稿论文结题
已经有5人回复
-
论文撤稿了
已经有5人回复
-
某211大学教师把个人教师官方主页改成:我跑了我跑了我跑了!官宣跑路！
已经有5人回复
-
26/27申博自荐
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
揭秘青基评审内幕：几个A才能顺利中标
已经有4人回复
-
青B发送上会通知了吗
已经有7人回复
-
博士申请
已经有3人回复
2楼2023-05-03 21:29:27
WSW_Alone
木虫 (著名写手)
- MicEPI: 2
- 应助: 25 (小学生)
- 金币: 7118.4
- 红花: 6
- 帖子: 1280
- 在线: 282小时
- 虫号: 821578
- 注册: 2009-08-04
- 性别: GG
- 专业: 微生物生态学
3楼2023-05-04 22:49:12
4楼2025-06-25 10:54:06
miumiu456
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 97.7
- 散金: 100
- 帖子: 92
- 在线: 8.7小时
- 虫号: 20204037
- 注册: 2019-12-19
- 性别: MM
- 专业: 环境工程
|
楼主，刘永鑫老师团队有更新，数据库百度网盘下载链接： https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 文件路径 : db/amplicon/silva/SILVA_modified.fasta |
5楼2025-11-10 14:11:55
10