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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 芽孢杆菌鉴定，两个基因联合建立进化树
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寒鸦归渡

新虫 (初入文坛)

[求助] 芽孢杆菌鉴定，两个基因联合建立进化树 已有2人参与

手上有一株芽孢杆菌，送了两家公司测序鉴定，得到的结果不一样，但是在ncbi上的相似度都很高。一家用的引物是8F和16SR，一家用的是27F和1492R，想问一下能不能用这两家公司给的结果一起建进化树来确定最终的结果，具体应该怎么做？
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1楼 2023-04-12 00:12:34
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陈词陈语

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

一般确定细菌的种属用27F/1492R扩增出的16S序列就行，扩出的16S序列基本上算是全长了。NCBI上BLAST的分类不详细，可以利用细菌16S分类的权威网站Ezbiocloud，只要跟其菌的序列相似度大于98.7%就能确定到对应的种，小于则是到属，一般要是小于95%就可以定为一个新属了。若还想更确切的分类结果，那就测定菌的基因组信息，可用利用GTDB-tk来利用基因组信息构建基因组进化树。这就要比仅靠16S分类更可靠。
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3楼2023-05-07 23:05:17
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momo莫模

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我们实验室测16S一般都是用27F1492R，有一个问题是如果想鉴定到芽孢杆菌属的某一个具体的种，单靠16S可能已经不太准了，需要考虑其他基因例如gyrB
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2楼2023-04-21 11:32:39
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