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生物软件汇总1(转载)
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三维分子类 RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。非常有名，巨棒！ RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。 MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。 CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。 PDViewer PDB格式文件的查看程序。 DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。 ICMLite 2.8 3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。 VMD 1.82 3维分子浏览工具，可以进行动态显示。 CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。 WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。 DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。 gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。 POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。 WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。 MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。 Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。 PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。 Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。 PLATON1.07 通用结晶学软件工具。 Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。 Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。 Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。 DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。 PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。 StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。 JMVC 4 Pre Alpha 0.1 使用JAVA技术编写的三维分子查看器。 Re_View 1.0 读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件。 Oscail X 用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包。 Moilin X 分子构建与观察软件。 Tinker 4.1 与Moilin配套的DOS下的分子设计建模软件。 Biodesigner 0.75 免费的分子建模与显示软件。 MoluCAD Demo 02年11月版 全功能的分子建模与显示工具软件。 Viewer Activex Control 5.0 三维分子显示控件。 ACD/3D Viewer for ISIS 4.5 免费的ISIS Draw三维显示插件。 Amira 3.1 Demo 高等三维显示建模系统。 PyMOL 0.95 免费且公开源代码的三维分子显示、动画、编辑程序。 Qmol 3.01 基于OpenGL的三维分子显示软件。 Protein Explorer2.3 Alpha RASMOL衍生出的软件。 WinMGM 2.0b 分子图像程序。 Chimera 1.1872 免费的交互式分子模型显示程序；和 Jmol v9 java语言写成的开放源代码的免费三维分子显示程序； Ramachandran Plot Explorer 0.65 蛋白分子显示软件； YASARA View 4.4.28 免费分子显示软件 ProteinScope LE 1.0.1 免费PDB蛋白三维显示软件 DNA分析 DNAuser 1.0 DNA序列处理软件。 JaMBW 1.1 分子生物学软件包。 DNATool 6.0.122 功能很全面的DNA序列分析工具包。 pDRAW 1.1.60 DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图。 ANNHYB 4 b22 用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件。 ABIView 1.0 ABI格式文件显示与编辑软件。 Chromas 2.23 ABI格式文件显示与编辑软件。 DNAssist 2.0 DNA序列分析工具。 DNAProbe 核苷酸序列设计工具。 DnaSP 3.53 基因多态性分析软件。 DFW 2.21 DNA分析软件。 Artemis R5 以Java语言写成的序列查看工具。 ACT R2 以Java语言写成的序列比较查看器。 GDA 1.1 主要用来进行不连续基因数据的统计分析。 RDP 1.09 从一组比对核酸序列中查找可能的重组序列软件。 Sequencher 4.1.4 Demo 序列拼接软件。 MeltCalc 2.06 自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。 基因探索者 1.0 Demo 中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件。 ConsInspector 3.3 DNA蛋白结合位点预测识别软件。 MatInd 2.2与MatInspector 2.2 快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具。 GBuilder 1.23 JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件。 GenomePixelizer 2002.2.15版 帮助理解基因组中的簇基因（clustering gene）之间的相互关系的软件。 LabBook Genomic XML Viewer 3.3.0.41 图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件。 Gene Construction Kit 2.5 Demo 管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件。 Genalysis 2.1.2 评估版 比较基因组或大量基因序列的工具软件。 GenescanView 查看基因扫描（genescan）格式.fsa文件的小软件。 WinGene 2.31 分析核酸序列的多用工具软件。 Sequin 5.00 数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询软件。 Pyxis 1.0 分析一组功能相关的基因形成的基因簇是否具有统计学意义的软件。 GenomeComp 1.3 中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具 Apollo 1.4.4 Java语言开发的基因组注释显示编辑软件 SNPHunter 1.65 SNP（单核苷酸多态性）查找软件。 SSRHunter 1.3 SSR（Simple Sequence Repeat，即简单序列重复，又称微卫星DNA）位点查找软件。 iCE 3.4 Java语言编写的显示基因指纹图及相关数据的软件。 RNA分析 RNA draw RNA二级结构分析软件。 RNAstructure 3.71 预测RNA二级结构图。 RnaViz 2.0 RNA二级结构图绘制程序。 loopDloop 2.07b Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件。 Circles 0.1.0 使用比较的方法分析RNA二级结构软件。 RNAFold RNA二级结构分析软件。 SStructView 1.2 用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件 Vienna RNA Package 维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包 蛋白质分析 ANTHEPROT 5.0 蛋白序列分析软件包。 pSAAM 蛋白序列分析软件包。 VHMPT 螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件。 aminoXpress 5.02 免费的多功能蛋白分析软件包。 WinPep3.01 分析蛋白序列的工具软件。 MPEx 2.1 研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。 Osprey 1.0.1 蛋白质相互作用网络可视化系统 PIN 显示蛋白质交互作用网络和功能注释软件。 InterViewer 3.0 显示和分析蛋白交互作用软件 生化教学 mmp.zip 将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来。 linpath.zip 线性酶反应模拟软件。 protlab 3.01 蛋白质纯化仿真软件。 MOLMED.ZIP 生化基础概念演示教学程序。 Biochem1.75 生化教学文件。 photo 光合作用教学程序。 8个教学辅助程序 包括化学键教学、光合作用、减数分裂、有丝分裂，还包括日蚀等等。 《生物化学》练习题软件 本套题共包括14章内容，每章练习题有单项选择和多项选择两套题，题库总题数近700道。 Adrenalin 肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示。 Virtual Cell Lab 2.0 多媒体细胞生物学教学程序。 生物画板5.0 专门用于编写生物类教学文档工具软件。 中文生物化学三大代谢图 Virtlab 2.0 用于教学目的的虚拟的分子生物学实验室软件 生化工程 brd.zip 生物反应器（发酵罐）设计软件。 BioStat 4.1 BioStat B发酵罐控制程序。 PenSim v2.0 青霉素发酵模拟软件。 BioProSim 4.0 发酵实时模拟软件。 SuperPro Designer 5.1评估版 计算机辅助设计特别是生物工艺设计的软件包。 序列格式转换 vised 1.1 序列输入分析和格式转换软件。 ForCon 1.0 多序列文件格式转换软件。 SeqVerter 1.581 序列格式转换软件。 GeneStudio Pro Public Beta 6 序列格式显示、编辑与转换工具软件。 FASTA/BLAST SCAN 4.1beta FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件。 RevComp 2.4 序列格式转换软件。 SeqnConverter 2.3 将不同格式的序列文件转换成FASTA格式软件。 MatchCode2.0 将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件。 BioCocoa 1.5 提供给软件开发者Objective-C语言的各种序列格式的读写支持模块 DNACompress 免费的DNA序列压缩软件 PCR相关 primer Premier 5.0 Demo 引物设计工具。 Oligo 6.65 Demo 引物分析著名软件。 Primer D'Signer 1.1 专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件。 Array Designer 2.03 Demo 批量设计DNA和寡核苷酸引物工具， Beacon Designer 2.12 Demo 实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。 NetPrimer JAVA语言写成的免费引物设计软件。 PC-Rare 基于OFD(Octamer Frequency Disparity)法的选择特定PCR引物的软件。 DNAWorks 1.1 帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。 TGGE-STAR PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。 The Primer Generator 在线引物设计程序。 Primer 3 比较有名的在线引物设计程序。 E-PCR 查找DNA序列的STSs(sequence tagged sites序列标签位点）的在线工具软件。 Primo Pro 3.4 在线PCR引物设计java系列软件。 Primer Selection 基于xprimer的在线引物设计软件。 PCR primer selection 选择引物用来扩增序列的一段精确区域的在线程序。 Web Primer 斯坦福大学提供的在线引物设计软件。 序列综合分析 MACAW 2.05 多序列构建与分析软件。 Clustal W 1.83 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件。 Clustal X 1.83 Clustal W Windows界面程序。 FASTA 34t21b5d 数据库中查找同源序列软件。 GeneDoc 2.6.02 对序列进行相关分析等操作。 BLAST 2.2.9 与NetBlast2.2.9 数据库中查找类似序列的软件及客户端软件。 SeqPup 0.9 生物分子序列编辑与分析软件。 K-Estimator 6.1 进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数。 BioEdit 6.0.7 序列编辑器与分析工具软件。 DAMBE 4.13 综合性序列工具软件。 LaserGene 5.01 Demo 综合性序列工具软件。 SeaView 图形化多序列队列编辑器。 Jalview1.7b 用Java语言写的多序列队列编辑器。 DNASIS 2.5 Demo 序列综合分析工具。 DNASIS Max Trail 2.5 序列综合分析工具。 Genamics Expression 1.1 演示版 是一个DNA与蛋白序列分析工具。 Vector NTI Viewer 4.0.1 载体查看软件。 Jellyfish 3.0 多功能序列分析软件。 ProSeq 2.9 beta 核酸序列编辑与种群遗传学分析软件。 SMS 2 DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合。 DS GENE 1.5 Trail 核酸与蛋白序列综合性分析软件。 Staden 2003.0.1 综合序列装配、编辑、分析软件包。 Vector NTI Suite 8 Demo 综合性蛋白核酸分析工具包。 INCA 0.38 Java 脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序。 ISYS v1.33 build #140 NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台。 DNAScriptor 1.00 DNA与蛋白序列综合分析软件。 Sequence Quickie-Calc 2.5 DEMO 非常紧凑的分子生物学工具软件。 PhyloGrapher（2003.4.3） 用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件。 Woderful生物信息学系统2.5试用版 综合中文序列分析软件。 bioxm 2.2 DNA序列资料的常规分析软件。 SeWeR 3.0 基于WEB的常用序列分析工具集。 WinBlast v.0.1.5 免费的NCBI BLAST程序windows界面程序。 BioRead Blast和Fasta结果编辑处理程序 SeqVISTA 1.5 java语言编写的核酸或蛋白序列图像显示、比较软件 GENOME EXPLORER Java语言编写的生物信息学综合工具软件 进化树分析 phylip 3.6a3 进化树分析软件，并可绘制进化树。 TreeView 1.6.6 进化树处理软件。 GeneTree 1.3 比较基因与种系进化树的程序。 NDE 0.5.0 用来编辑NEXUS格式文件的程序。 TreeMap 1.0 用来可视地比较主、从进化树的程序。 Spectrum 分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件。 Phyltools 1.32 计算与处理进化树数据的软件。 tree-puzzle 5.0 核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。 ATV 1.92 JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件。 TREECON 1.3b Demo 构建和绘制进化树的软件包。 ProBiosys 1.0 比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件。 COMPONENT 2.0 分析进化树免费软件。 NJplot 小巧的显示进化树的免费软件NJplot。 MEGA 2.1 免费分子进化遗传分析软件 PAUP 4 PAUP的快速使用手册 |
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liuzhenhua1105
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