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【原创】GAUSSION计算常见错误及解决方案
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初学Gaussian03常见出错分析 最初级错误 1. 自旋多重度错误 2. 变量赋值为整数 3. 变量没有赋值 4. 键角小于等于0度，大于等于180度 5. 分子描述后面没有空行 6. 二面角判断错误，造成两个原子距离过近 7. 分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线 运行出错 1. 自洽场不收敛 SCF a. 修改坐标，使之合理 b. 改变初始猜 Guess c. 增加叠代次数 SCFCYC=N d. iop（5/13=1） 2. 分子对称性改变 a. 修改坐标，强制高对称性或放松对称性 b. 给出精确的、对称性确定的角度和二面角 c. 放松对称性判据 Symm=loose d. 不做对称性检查 iop(2/16=1) 3. 无法写大的Scratch文件RWF a. 劈裂RWF文件 %rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1 b. 改变计算方法 MP2=Direct可以少占硬盘空间 c. 限制最大硬盘 maxdisk=N GB 4. FOPT出错 原因是变量数与分子自由度数不相等。 可用POPT 或直接用OPT 5. 优化过渡态只能做一个STEP 原因是负本征数目不对 添加 iop（1/11）=1 6. 组态相互作用计算中相关能叠代次数不够，增加叠代次数 QCISD（Maxcyc=N） Default.Rou设置 • 在Scratch文件夹中的Default.Rou文件中设置G03程序运行的省缺参数： • -M- 200MW • -P- 4 • -#- MaxDisk=10GB • -#- SCF=Conventional or Direct • -#- MP2=NoDirect or Direct • -#- OPTCYC=200 • -#- SCFCYC=200 • -#- IOPs 设置 如iop（2/16=1） Default.Rou设置中的冲突 • Default route: MaxDisk=2GB SCF=Direct MP2=Direct OPTCYC=200 SCFcyc=100 iop(2/16=1) iop(5/13=1) • ------------------ • # ccsd/6-31G** opt • ------------------ • L903/L905 and L906 can only do MP2. 问题在于，ＭP2=Direct ！ 去掉这个设置，CCSD的作业就能进行了。 因此，建议在Default设置中只设置，内存，最大硬盘，等项 振动分析的关键词 振动分析的选项 拉曼光谱 Raman 非谐性 Anharmonic 势能函数不是简谐的 内转动，受阻转子 Hinderedrotor 力常数过小的转动 振-转耦合 VibRot 振动圆二色性 VCD 用于光活性分子 同位素效应，温度，压力 ReadIsotopes 不影响频率数值 算法选项： 解析频率 Analytic 数值频率 Numeric 二阶导数数值 Enonly FREQ的缺省设置是：有解析方式就计算解析频率，不计算Raman性质 MP3，MP4，CISD，CCSD，QCISD等方法没有解析频率，只能算数值频率。 一般各种理论方法下，计算的频率和实验测得频率之间有系统误差，需要用校正因子校正（Scale Factor） 各种方法计算频率的Scale因子 方法： 约化因子 约化因子 （频率） （ZPE） HF/3-21G 0.9085 0.9409 HF/6-31G(d) 0.8929 0.9135 MP2(Full)/6-31G(d) 0.9427 0.9646 MP2(FC)/6-31G(d) 0.9434 0.9676 BLYP/6-31G(d) 0.9940 1.0119 B3LYP/6-31G(d) 0.9613 0.9804 SVWN/6-31G(d) 0.9833 1.0079 Freq=ReadIsotopes输入 # 。。。Freq=ReadIsotopes 。。。 Title 0 2 H O 1 0.98 298.15 1.5 0.8929 温度，压力 约化因子 H 2 用质量数是2（程序读取精确值）的同位素 O 18 用质量数是18（程序读取精确值）的同位素 空行 Freq=（ReadFC，ReadIsotopes） 同一方法基组下计算不同同位素的力常数矩阵（Hessian）相同，因此从前面频率计算的chechpoint文件里读取力常数，计算同位素效应的频率和热力学性质，可以节省许多时间。 注：同种元素的不同同位素，几何结构是相同的，电子结构也是相同的。 也可以用Freqcheck.exe工具做不同温度，压力，同位素的热力学分析。 数值频率问题 • 数值频率计算不需要很大内存和硬盘空间，但是精度较差，时间也长。 Freq=(Numeric,(Step=N)) Step用于指定微分步长，缺省为0.001*5 Angstrom Freq=Enonly 计算解析一阶导数。数值二阶导数 振动分析中的问题 • 振动分析原则上只对稳定点有意义 • 振动分析一定要在结构优化相同的方法和基组上进行。 • 理论计算的振动频率和试验结果有系统误差，需要乘以Scale因子校正 • 考虑相关能方法的解析频率计算需要大的硬盘和内存 Warning -- explicit consideration of 3 degrees of freedom as vibrations may cause significant error • 如果出现这个警告， 一般来说是出现两个方面的问题： 1. 优化的结构不够精确，需要用更严格收敛判据优化。 2. 有3个振动模式实际上应该按内转动处理。 包括：自由转子模型，受阻转子模型。 内转动模式对热力学性质计算有影响，特别是低频模式 稳定点优化中出现小的虚频问题 1。优化的结构还不是局域极小值点，需要用更严格的收敛判据优化。OPT（tight or verytight） 2。对应转动模式的虚频，可以用稍微修改转动模式对应的二面角，使之合理。 3。用OPT=CalcAll来计算 结构优化和频率计算中的常见错误 1. 自洽场不收敛 SCF Convergence Failure a. 修改坐标，使之合理 b. 改变初始猜 Guess c. 增加叠代次数 SCFCYC=N d.先用较松的SCF判据优化结束后再用正常SCF判据优化 e.不管不收敛，继续计算，iop（5/13=1） f. 尝试用SCF=qc算法 2. 分子对称性改变a. 修改坐标，强制高对称性或放松对称性b. 给出精确的、对称性确定的角度和二面角如对Td对称性，二面角值给为，109.47122 度c. 放松对称性判据 Symm=loose d. 不做对称性检查 NoSymm或iop(2/16=1) 3. FOPT出错 原因是变量数与分子自由度数不相等。 可用POPT 或直接用OPT 4. 超出最大优化圈数Step Exceed • 检查分子结构是否合理，如合理可增加循环圈数，OPTCYC=N • 读取Checkpoint文件最后几何，继续优化。 • 选取上次优化过程中最好的几何结构继续优化。 GEOM=(step=n) 5. 无法写大的Scratch文件RWF a. 劈裂RWF文件 %rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1 b. 改变计算方法 c. 限制最大硬盘 maxdisk=N GB 6. 组态相互作用计算中相关能叠代次数不够，增加叠代次数 QCISD(Maxcyc=N) CCSD (Maxcyc=N)等。 [ Last edited by fegg7502 on 2009-12-7 at 22:35 ] |
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