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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】急求:已知有机分子结构,如何构造晶体?
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bianliang555551

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】急求:已知有机分子结构,如何构造晶体? 已有4人参与

急求:已知有机分子如何构造晶体?并且优化它的几何结构?
我用的方法:用castep模块先建立了一个晶体,然后粘贴了分子结构,最后运行几何结构优化...结果得到的分子的键长远大于真实值,这又是怎么回事啊???
有没有更好的方法或软件得到已知分子的晶体结构?本人是单PC机....
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1楼 2009-09-22 12:31:19
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saikun

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
bianliang555551(金币+1):谢谢参与
bianliang555551(金币+1,VIP+0):谢谢回复! 9-22 17:25
qasd(金币+1):xiexie
一般很难的。

（１）分子间的是van der Waal力，没有计得准的方法。

（２）多维优化变数亦很多。

你的是什么分子？
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2楼2009-09-22 15:02:05
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archhector

★ ★ ★
bianliang555551(金币+1):谢谢参与
bianliang555551(金币+1,VIP+0):谢谢回复! 9-22 17:25
zxzj05(金币+1,VIP+0):奖励讨论！ 9-23 09:46
引用回帖:
Originally posted by bianliang555551 at 2009-9-22 12:31:
急求:已知有机分子如何构造晶体?并且优化它的几何结构?
我用的方法:用castep模块先建立了一个晶体,然后粘贴了分子结构,最后运行几何结构优化...结果得到的分子的键长远大于真实值,这又是怎么回事啊???
有 ...

如果只是优化分子的话用forcite直接跑，比较准。
至于要构建高分子晶体，得有晶体中的分子密度才好设置晶胞参数啊，这个如果用castep跑估计是很不靠谱的，还是用动力学的模块吧
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3楼2009-09-22 15:52:02
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bianliang555551

木虫 (正式写手)
我做的是1,1-二硝基-2,2-二氨基乙烯分子,有人做过相关的晶体,但具体步骤还不清楚,感谢大家的回复!
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4楼2009-09-22 17:27:48
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bianliang555551

木虫 (正式写手)
那位高手能说具体些啊?
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5楼2009-09-22 17:41:51
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
★ ★
bianliang555551(金币+1):谢谢参与
zxzj05(金币+1,VIP+0):奖励讨论！ 9-23 09:47
就是建议你不要用castep模块算，用分子动力学的模块试试
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新征途
6楼2009-09-22 19:33:55
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mazuju028

木虫 (正式写手)
★ ★
bianliang555551(金币+1):谢谢参与
zxzj05(金币+1,VIP+0):奖励讨论！ 9-23 09:47
可以依据已经做出的数据建立相应的模型再试一遍。
赞一下(11人) 回复此楼
锐气藏于胸，和气浮于脸，才气见于事，义气施与人
7楼2009-09-22 21:02:48
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archhector

★
bianliang555551(金币+1,VIP+0):谢谢回复! 9-23 22:24
引用回帖:
Originally posted by bianliang555551 at 2009-9-22 17:27:
我做的是1,1-二硝基-2,2-二氨基乙烯分子,有人做过相关的晶体,但具体步骤还不清楚,感谢大家的回复!

先build polymer，再用MS里面的Amorphous Cell模块
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2009-09-23 19:28:41
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yilanfei

老兄，回复发你邮箱了哈

★
bianliang555551(金币+1):谢谢参与
bianliang555551(金币+7):谢谢，已经收到 2010-04-12 18:32
查一下
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9楼2010-04-10 08:43:51
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156727932

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用Amorphous Cell模块，用初试密度作为指标。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-04-14 15:37:33
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