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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】求一段monte carlo 程序
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liao6417

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求一段monte carlo 程序 已有1人参与

求一段monte carlo 程序，不管是实现什么的，我主要是想看看这个运算法则的样子，以及写法

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:40 ]
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1楼 2009-09-21 21:16:46
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-07 16:18
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-09 09:20
是你把我问住了
--
话说我只是学了点MC的皮毛,从未真正用过MC做化学方面的研究
就这几点我说一下我的看法吧

1 关于力场
随着计算能力的的告诉发展,研究的体系也越来越复杂.
比如模拟膜蛋白,就要把蛋白的,水的,lipid uint的,以及水中离子
就连那个常常被人抱怨参数不全的charmm力场,其原子类型也有200余个
键/角/二面角的类型更是200的几次方的数目
而据我所致,做MC的大多是自编程序.通用软件的数目也非常不乐观
要把这样复杂的力场写到自己的程序里面,这样的通才数目有限,不能普及

2 问题好像不能这样问,缺了哪一点都不行

3 metropolis 取样实现了波尔兹曼分布,所以才在分子模拟中有广泛应用吧
赞一下(3人) 回复此楼
9楼2010-03-07 14:44:11
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pfzhangphy

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-15 11:07
建议找本MC的书看吧！看程序不如看书好！
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2009-11-16 14:28:20
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+4,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 15:04
MC方法很好,只是形式复杂的力场不好加进去

当初学习MC时候写一个例子
用于逃离曲线上 local minimum, 找到的global minimum
实验函数y = cos (x) + cos (3x), 图像见图top
最低点-2.0, 收敛目标-1.99999
代码
CODE:
#include
#include
#include
int main()
{
  float a, d, t;
  float x0, x, y0, y;
  scanf("%f %f %f", &a, &d, &t);
  srand(0);
  x0=a;
  do {
    y0= cos(x0)+cos(3*x0);
    x= x0 + d*(rand()%10000/10000.0-0.5);
    y= cos(x) + cos(3*x);
    printf("%f\t%f\n", x, y);
    if (exp((y0-y)/t) > rand()%10000/10000.0) x0= x;
  } while (y > -1.99999);

  return 0;
}

需要手工输入三个参数,
a: x初值, d:尝试移动的最大范围, t: 相当于kT
图middle 和buttom 分别在(a,d,t)=(0.2, 0.1, 0.8) 时候, x 和y 随运行步数的演化
可见在有限的时间内, 通过简单的算法可以逃离曲线上 local minimum, 找到的global minimum
适合分子复杂, 不能一一列举的各个构象时候的构象分析
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-11-16 14:58:51
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-16 14:58:
MC方法很好,只是形式复杂的力场不好加进去

当初学习MC时候写一个例子
用于逃离曲线上 local minimum, 找到的global minimum
实验函数y = cos (x) + cos (3x), 图像见图top
最低点-2.0, 收敛目标-1.99999
代 ...

好资源！
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4楼2009-11-16 21:52:01
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