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【求助】电子密度的拉普拉斯分布图和电荷差分密度图的区别
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在做一个有机化合物的计算，数据已经得到了， 还剩下分析，看文献的时候有个疑问，对于数据分析，我发现了有两种不同的图 一种是 the Laplcian distribution of electron denisty，电子云密度的拉普拉斯分布，这个好像通常出现在有机化学的文献里，类似这样的 一种是 difference charge density 所谓的电荷差分密度图，这个好像通常出现在物理化学吸附类的文献里，类似这样的 我的疑问是，这两种图有什么区别？就是名称上的差别吗？还是有不同的做法 后一种图论坛上的做法很多，而前一种几乎没有人提及，我实际上想做前一种图，有人知道它的做法吗？ [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 20:31 ] |
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8楼2009-09-23 11:01:41
zhou2009
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sshadow(金币+5,VIP+0):谢谢您的帮助，帮我大忙了！ 9-18 14:44
erylingjet(金币+2,VIP+0):专家出手! 9-18 17:14
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erylingjet(金币+2,VIP+0):专家出手! 9-18 17:14
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这是完全不同的两种概念和图形。 difference charge density 所谓的电荷差分密度图，是分子的charge density与组成它的若干个独立的原子或分子片的charge density之差，这种difference差，表达了分子与组成它的若干个独立的原子或分子片的电荷的净变化。 the Laplacian distribution of electron denisty，电子云密度的拉普拉斯分布，是对一个分子电荷求Laplacian运算，可以得到分子电荷分布变化的趋势。 由于划分分子中原子电荷困难，有学者利用电子云密度的拉普拉斯分布明显的原子电荷边界，来划分分子中原子拥有电荷的范围。 这两种计算和图形，都可在GS的cube关键词去作。 作电荷密度，选择“density”，而且分别求分子与组成它的若干个独立的原子或分子片的电荷，然后作差、作图。 作拉普拉斯分布，选择“Laplacian”即可。 这样分别得到三维空间格点文件。 建议对三维空间格点文件，用gsgrid程序取一个典型的截面，然后用sigmaplot程序作等值线图。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-9-23 at 08:17 ] |
2楼2009-09-18 14:40:36
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谢谢指教 我照着做了，可是现在又有个问题出现了，我按照提示输入，最后出来错误信息 > cubegen 0 laplacian frag1.fchk lap.cub 0 h What=LAPLACIAN Unrecognized command in CubeGen. Error termination via Lnk1e at Mon Feb 14 17:12:31 2005. 其它的关键字运行都是正常的，density, potential etc 就是这个怎么都不对，头大了。。。。。 还有为什么大部分有机的文献都选择LAPLACIAN变化而不使用差分密度图来说明电荷的转移呢？ |
3楼2009-09-22 00:20:57
zhou2009
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 9-22 08:37
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 9-22 08:37
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我算了一下laplacian，并且作了图，没有问题。 是否你的GS版本的问题？ 差分密度图不易作，要选择构成分子的分子片。如果是基于MO的差更不易找到对应的，基于全分子与全分子片的密度，密度差图形复杂不易解析。 相比之下，laplacian图只是一个分子的，比较容易解析。 但许多时候，laplacian图是不能代替密度差图的。因为laplacian图只是分子电子密度的变化趋势，不能确切表达分子片形成分子前后电子密度的净变化。 自然，laplacian方法考察电荷分布，又自有新的性质揭示，密度差图也不能替代。 比如，对一个指定的键，密度差图表明二原子之间的键电子密度显著增加。而laplacian图却图示越向原子核心，laplacian值负得越多，二原子中间近乎为零，有的学者从而利用这个特点将分子中原子划分开来。 这是两种完全不同的图形，但都是正确的。 因为二者毕竟是两种完全不同性质的度量，图形也没有可比之处。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-9-25 at 08:25 ] |
4楼2009-09-22 08:30:28
