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金虫 (小有名气)

[交流] GWAS 如何寻找显著SNP 附近的功能元件(结合位点、其他远处基因的增强子)

chr11 failed to annotate any genes, please clarify how you annotate genes. how about the nearest genes? is there any functional element such as biding sites, or enhancers linking to other genes which are far from the gwas snp?

11号染色体上的显著snp没有注释到任何基因,请说明你是如何注释基因的最接近的基因呢? 是否存在任何功能元件,如结合位点或其他基因(与gwas 获得的该snp距离很远)的增强子?

大家好,请问如何回答,在设置的注释区间范围里(上下游100kb),没有找到基因信息,审稿者问是否有功能元件(结合位点),或者其他远距离基因的增强子,这个应如何去搜索与解答呢?谢谢老师们不吝赐教
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youxistar

金虫 (小有名气)

希望精通GWAS的老师可以指导,谢谢啦!
2楼2023-01-11 19:22:09
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