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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】请教一个读取chk文件的问题
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psfan

铁虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教一个读取chk文件的问题

一个分子已经得到优化的基态结构，对应checkpoint文件为ground.chk，现在想在此基础上进行单重激发态优化，以下做法有没有错误的？

1.新建目录singlet，把ground.chk拷到该目录
2.创建输入文件，内容如下：
%chk=ground.chk
# opt freq b3lyp/6-311++g** td=(singlets,nstate=5) geom=check guess=read

问题是这样写运算时会不会覆盖ground.chk文件？
如果想将运算生成的checkpoint另外命名怎么做？用%chk=xxx.chk的话geom=check guess=read指令怎么知道需要读取的文件在哪呢？
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1楼2009-09-17 00:10:10
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onion007

铜虫 (小有名气)
★ ★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 9-17 09:57
psfan(金币+1,VIP+0):谢谢交流，请帮看一下跟帖的问题 9-17 21:35
你可以将ground.chk文件重新复制改名，只要geom所读取的check与其一致就可以了，不会覆盖之前的check文件
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2楼2009-09-17 09:48:15
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
楼上所言极是，你多复制几个不就完了？
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3楼2009-09-17 09:57:33
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psfan

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by psfan at 2009-9-17 00:10:
一个分子已经得到优化的基态结构，对应checkpoint文件为ground.chk，现在想在此基础上进行单重激发态优化，以下做法有没有错误的？

1.新建目录singlet，把ground.chk拷到该目录
2.创建输入文件，内容如下：
...

那就是说geom读取的文件在%chk指令里设置，那么本次运算生成的chk文件在哪里呢？如果也是写入%chk指定的文件的话，是追加还是覆盖？另外，第二步的输入文件有没有错误的，请帮忙看一下。
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4楼2009-09-17 21:31:34
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zlding

木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):如果我告诉你：就是会覆盖呢？ 9-18 10:58
引用回帖:
Originally posted by psfan at 2009-9-17 21:31:


那就是说geom读取的文件在%chk指令里设置，那么本次运算生成的chk文件在哪里呢？如果也是写入%chk指定的文件的话，是追加还是覆盖？另外，第二步的输入文件有没有错误的，请帮忙看一下。

说我个人的看法，我觉得这个不会覆盖的，原因如下。所有计算的chk文件如果你不另外指定路径，都保存在scrach文件夹下，他有固定的路径，应该不是你新建的这个文件夹。所以新生成的chk会存在目录scrach文件夹下，chk=read读取的就是你现在文件夹下的chk。但是建议新生成的chk还是换一个名字好，免得你到时候混淆了哪个是新生成的，哪个是原来的，呵呵。
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5楼2009-09-18 08:48:23
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zlding

木虫 (著名写手)
★ ★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流，复制即可！ 9-18 11:44
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):改个名就行了。只要文件名不同，就不会覆盖了 9-20 13:26
会覆盖吗？呵呵，小卒说明白一点吧。我没有具体这样操作过，上面的说法是我的推测，呵呵，小卒教一下大家怎样做才能即可以调用现有的chk，又不覆盖呢？
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6楼2009-09-18 11:13:50
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psfan

铁虫 (正式写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-20 13:23
好吧，其实覆盖与否不是关键，做任何潜在的写操作前备份是个好习惯。
问题是那个算TD的格式有没有什么问题？
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7楼2009-09-18 12:03:22
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ZJboy

木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-20 13:23
cp a.chk b.chk
b.chk 即为进一步计算时所要提取的checkpoint文件
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8楼2009-09-20 12:51:24
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★
psfan(金币+1,VIP+0):fchk可以还原成chk文件 9-21 18:20
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 9-22 09:03
这么说吧，不论是在Linux还是Windows中，只要你两次计算规定的chk路径/文件名是一样的，那么这个chk文件必定会被覆盖，连提示都没有，直接覆盖。
我个人习惯是：删掉所有的chk文件，只留下fchk文件。而fchk文件则是分门别类细心整理，要用的时候直接调用
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9楼2009-09-20 13:37:26
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wpgy

木虫 (小有名气)
建议你最好复制一下改个名 以便再用时方便，楼主用服务器算还是用单机？
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10楼2009-09-22 16:26:52
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