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汕头大学海洋科学接受调剂
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准博士

金虫 (正式写手)

[交流] 如何用 codehop进行参数的修改,设计简并引物。

软件大概怎么用,我会的。我共有三个区域有保守序列,123,其中,只有12能够用codehop设计出引物。但是觉得这样P出来的碱基序列太短了。由于我的第三个区域的保守氨基酸就有三个,用这个软件在该区域设计不出引物。如何用该软件重新设计,能在第三个保守区域设计出引物来,这样p出来的序列会长些,并且文献中也是用的1和3保守氨基酸设计出来的。另外,我觉得这个软件用保守氨基酸序列设计引物,保守氨基酸用的太多了,大概9个氨基酸,这样扩增出的产物会不会有问题?如果修改参数,将之减少?还是这个软件设计出的引物就是这个样子的?新手除学,有好多都不懂,实验室也没有人会这个软件。

[ Last edited by 350784478 on 2009-9-14 at 11:57 ]
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liujunhero

新虫 (文学泰斗)

文献杰出贡献文献杰出贡献


准博士(金币+1):谢谢参与
最好还是和相近的物种对比的啊
3楼2009-09-12 20:47:59
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gastrodia

金虫 (正式写手)


准博士(金币+1):谢谢参与
你的序列只有3个保守序列,不知道你的蛋白质序列有多长,是否你只有蛋白质序列的一部分,如果很短确实很难设计引物,如果只能在1和2的Block设计引物,可以在其基础上根据你的核酸序列再设计二次扩增的巢式引物,2次扩增都使用touchdown的方式进行,
2楼2009-09-12 19:30:40
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tanlaixun

禁言 (知名作家)


准博士(金币+1):谢谢参与
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4楼2009-09-12 21:05:52
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