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学员pb6d6S

银虫 (正式写手)

[求助] 求助:请问各位大牛在做药物结构设计的时候实际上是怎么样的设计思路?

最近入职了一家创新药公司,我所在的课题组,有时候是把设计好的新化合物结构送到搞计算机辅助药物设计的部门,让其模拟是否和受体适配,再去决定是否合成。有时候是拍脑子试一下加个甲基或者乙基之类的基团,合成出来试一下其生物活性。我想问问做药物化学的同行(企业或者高校),你们在做药物结构设计的时候实际上是怎么样的设计思路的?刚做创新药这行,比较迷惑,希望参考一下各位同行的经验,能尽快入门,感谢!

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学员pb6d6S

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zyqchem at 2022-07-31 16:33:13
我们一般是先确定靶点晶体结构(如果已有报道),然后对阳性对照药进行骨架跃迁,再通过分子模拟对接打分,寻找数值相对较高者,再利用已有的片段数据库并结合构效关系及等理论进行优化,再分析合成可行性,有选择地 ...

您这讲的挺详细的,学习了!我还想请教一下,我有时候会看到课题组组长在用chemdraw模拟化合物的空间结构,用chemdraw模拟这些数据的时候有什么需要注意的地方呢?chemdraw软件有什么数据对于筛选化合物成药性是比较值得参考的呢?尤其是企业或者高校课题组缺少计算机辅助药物设计部门协助的时候,他们是怎么开展创新药方面的课题的呢?

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6楼2022-07-31 19:26:02
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查看全部 9 个回答

zyqchem

木虫之王 (文学泰斗)

我们一般是先确定靶点晶体结构(如果已有报道),然后对阳性对照药进行骨架跃迁,再通过分子模拟对接打分,寻找数值相对较高者,再利用已有的片段数据库并结合构效关系及等理论进行优化,再分析合成可行性,有选择地合成。我们有专门的计算化学研究人员负责这些设计工作,合成人员辅助进行

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2楼2022-07-31 16:33:13
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zyqchem

木虫之王 (文学泰斗)

另外,合成人员还要考察新设计的化合物是否有知识产权风险。我们是企业,目前主做me better类创新药,相对于me too类的只是简单调整个别基团的改造的设计,更容易做出自己的临床优势,也符合目前国家政策的主要支持方向

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3楼2022-07-31 16:47:50
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zyqchem

木虫之王 (文学泰斗)

靶点晶体结构可以在网上的PDB数据库查,不止一个版本。配体与靶点蛋白对接的晶体结构对于分子设计非常有帮助

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4楼2022-07-31 16:51:18
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