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使用NAMD球形边界条件计算离子的溶剂化能时出现dG=99999.9
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大家好，我最近在使用NAMD球形边界条件计算离子在水球中的溶剂化自由能，使用FEP法尝试NH4+在2nm水球中的溶解，但在输出的.fepout文件中：lambda从1到0.9，出现了dG=9999999.99。于是我先尝试了官网上的例子，应用球形边界的泛素在水球中的md过程跑成功了，然后将其中一个水分子设置为解耦分子，加上FEP相关参数设置后，还是出现了dG=9999999.99，有文献使用OpenMM软件，FEP法计算过离子在水球中的溶剂化能，所以球形边界条件应该和FEP法是可以一起用的，相关文件见链接，还请大神帮忙看一看该怎么处理，或者有相关计算经验的能帮一下忙嘛？非常感谢 链接: https://pan.baidu.com/s/12qjDax9s7exBtE9BJW4bng 提取码: 8n2r 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦 |
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