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nkleof银虫 (正式写手)
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pbs脚本中vasp运行问题 已有1人参与
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| 在一台服务器中安装了torque用来管理计算任务，同一台服务器既是管理又是计算服务器。结果在pbs脚本中运行vasp时，提示动态链接库找不到：/usr/local/bin/vasp_std: error while loading shared libraries: libmkl_intel_thread.so:，但是在控制台下直接输入和pbs脚本中一样的命令/usr/local/bin/mpirun -np 16 /usr/local/bin/vasp_std，运行任务就没问题，脚本中也一样是写的绝对路径，感觉非常奇怪，不知道是哪个地方没设置好了，请高手们指点一下。 |
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2楼2022-05-08 10:47:44
nkleof
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- 注册: 2006-01-02
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
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谢谢回复，pbs脚本如下，请帮忙看看哪里有问题： #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -l walltime=120:0:0 #PBS -N Gr_monol_relax #PBS -j oe #PBS -m ae #PBS -q dft NP=`wc -l ${PBS_NODEFILE} | awk '{ print $1; }'` YY=`date +%Y` MM=`date +%m` DD=`date +%d` echo ' '$PBS_O_WORKDIR' Started at ' `date` ' ' >> /home/xxyue/tasklog/$YY-$MM-$DD.log cd $PBS_O_WORKDIR /usr/local/bin/mpirun -np $NP /usr/local/bin/vasp_std YY=`date +%Y` MM=`date +%m` DD=`date +%d` echo ' '$PBS_O_WORKDIR' Finished at ' `date` ' ' >> /home/xxyue/tasklog/$YY-$MM-$DD.log |
3楼2022-05-09 09:24:44
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