| 查看: 3670 | 回复: 2 | |||
[交流]
在超算上安装ATAT-VASP接口常见问题以及解决办法 已有2人参与
|
|
1、.ezvasp.rc文件的配置方法：（标准例子） #!/bin/csh #enter name of vasp executable here （ ·这里的意思是填写超算上安装vasp的位置，最终要落到具体的版本上，vasp分三个版本：std、gamma和非线性版本，一般选择std就可以； ·另外需要注意的是要选择在VASP/安装包路径/bin文件夹下的，一定要选bin，不要选其他的； ·所有的路径要带引号） set VASPCMD="/opt/pub/softwares/VASP/5.4.4-gzbuild/bin/vasp_std" #enter the directories containing the pseudopotentials here set POTLDA="~/bin/USPP_LDA/USPP_LDA" set POTGGA="~/bin/USPP_GGA/USPP_PW91" set POTPAWLDA="~/bin/PAW_LDA/PAW_LDA" set POTPAWGGA="~/bin/PAW_GGA_pw91/PAW_PW91" set POTPAWPBE="~/bin/pbe54" 这里需要把五种赝势库的路径都写上去，其实在vasp.wrap文件中指定了pawpbe，也就是说ATAT做计算的时候其实默认用PBE54赝势的，但是如果没有把五种赝势库的位置都告诉软件，软件就会报错。 2、一定要注意，将路径添加到.ezvasp.rc以后，同时也要将vasp_std和五个赝势库的路径也添加到环境变量（~/bin下的.bashrc文件)，如下： # .bashrc # Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then . /etc/bashrc fi # User specific environment if ! [[ "$PATH" =~ "$HOME/.local/bin:$HOME/bin:" ]] then PATH="$HOME/.local/bin:$HOME/bin:$PATH" fi export PATH # Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature: # export SYSTEMD_PAGER= export PATH=:~/bin/ATAT/atat:$PATH export PATH=:~/bin/ATAT/ATAT_files:$PATH export PATH=:~/bin/ATAT/atat/bin:$PATH export PATH=:~/bin/pbe54:$PATH export PATH=:~/bin/USPP_LDA/USPP_LDA:$PATH export PATH=:~/bin/USPP_GGA/USPP_PW91:$PATH export PATH=:~/bin/PAW_LDA/PAW_LDA:$PATH export PATH=:~/bin/PAW_GGA_pw91/PAW_PW91:$PATH export PATH=:/opt/pub/softwares/VASP/5.4.4-gzbuild/build/std/vasp:$PATH 然后source .bashrc保存，否则不会生效 3、如果ezvasp和环境变量都配置好了，在runstruct_vasp之前，需要先module load VASP，否则仍然会出现以下报错： cp: cannot stat 'OSZICAR': No such file or directory cp: cannot stat 'OUTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'CONTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'CONTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'OSZICAR': No such file or directory cp: cannot stat 'OUTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'CONTCAR': No such file or directory cp: cannot stat 'DOSCAR': No such file or directory unable to open OSZICAR or OSZICAR.static 出现这个报错的原因是打开vasp失败，导致无法生成这些文件。前面1、2步是为了让ATAT可以找到vasp在哪里，第三步是激活打开vasp，这三点注意了就可以成功！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
2楼2022-04-26 14:29:36
3楼2022-11-05 13:56:41
