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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】NVT系综下动力学平衡、均方位移的紊乱
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

[交流] 【求助】NVT系综下动力学平衡、均方位移的紊乱

在用MS中的discover模块计算动力学均方位移时，步长1fs，动力学时间1500ps,平衡时间500ps，温控方法为Nose法。。动力学之前结构已minimizer过了，但是anaylsis时，MSD曲线呈现波浪式变化（如附件图），没有一点直线的迹象。。该怎么办呢？是由于动力学没有达到平衡吗？该改变什么参数。。谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 10:10 ]
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
1楼 2009-09-07 18:28:26
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
高人指点一哈啊，顶。
温度和能量波动都很小的啊
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
2楼2009-09-10 16:07:58
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tsiangsun

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-11 08:35
guosy1999(金币+2,VIP+0):不存在相变问题，是一个小分子在骨架中的扩散。温度和能量都变化很小啊。1500ps的时间已经很长了 9-11 08:50
你可以模拟的时间再长点，看看最后的大幅波动是否继续。

有可能是快到相变了。
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3楼2009-09-11 00:52:55
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snowrine

★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-11 09:26
guosy1999(金币+2,VIP+0):1500ps我觉得够长了，看来还是先增加步数再说，谢谢！ 9-14 09:04
延长时间看看再说。
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4楼2009-09-11 09:24:02
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tiger11212

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
guosy1999(金币+2,VIP+0):谢谢 9-14 09:05
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-14 09:39
什么体系？似乎就是在振动，没有多大的位移
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5楼2009-09-13 22:03:41
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
引用回帖:
Originally posted by tiger11212 at 2009-9-13 22:03:
什么体系？似乎就是在振动，没有多大的位移

是1个小分子在分子筛中的扩散，可能是扩散系数很小的缘故（10的负12次方数量级左右），不过我看到人家也做出来了。基本呈直线，主要参数也是一致的，。。只是好像是用5个分子在分子筛中的扩散，这与分子数目有关系吗？
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
6楼2009-09-14 09:20:41
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huai

木虫 (职业作家)
★ ★ ★
guosy1999(金币+1,VIP+0):谢谢！有道理 9-14 16:29
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 9-15 11:55
均方位在时间为零的时候应该是零，怎么你的图中一开始就上升的非常快。是不是初始速度太大，没有平衡。是不是把时间做长一点，得到一个平衡构型，然后在做到几个甚至十几个ns量级的时间，才能计算扩散系数。
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7楼2009-09-14 11:13:15
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
引用回帖:
Originally posted by huai at 2009-9-14 11:13:
均方位在时间为零的时候应该是零，怎么你的图中一开始就上升的非常快。是不是初始速度太大，没有平衡。是不是把时间做长一点，得到一个平衡构型，然后在做到几个甚至十几个ns量级的时间，才能计算扩散系数。

刚开始的时候对结构进行minimizer了，然后在770K（高温）下equilibration了400ps，然后对final structure 在348K下动力学production，1500ps。。
你说的确实很有道理，MSD一开始上升很快。这个该怎么控制呢，延长平衡时间然后同时延长动力学时间吗？正在尝试。。
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
8楼2009-09-14 16:36:21
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tiger11212

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 9-15 11:55
分子可能很大，与孔道体系作用很强，就会出现这种情况。
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9楼2009-09-15 09:10:22
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cassie0795

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问怎么样平衡体系呢？
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10楼2009-10-13 21:18:43
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