应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS vs. Hoomd/Galamost GPU版本效率测评的问题
81/1返回列表
查看: 4291  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

atomrq

银虫 (小有名气)

[交流] LAMMPS vs. Hoomd/Galamost GPU版本效率测评的问题 已有6人参与

LAMMPS GPU效率测评问题

个人对hoomd和galamost比较熟，最近用到lammps的一个模块，因此编译了lammps。
服务器搭载2080Ti显卡，编译了kokkos/cuda，lammps为github下载的最新版本。
测试体系为49000 LJ粒子，0.91的密度，rcut=2.5，fene bond标准参数，nvt系综，T=1.0，dt=0.001，TPS (time per second) =1200。
程序运行占用一个MPI进程和一个OMP线程，加一块GPU，运行时GPU占用率82%，看起来一切正常。

然而，同一个机器上，用hoomd和galamost测试发现TPS至少5000，galamost调整一些细节参数，TPS可接近6000。对比之下，lammps gpu version 只有前者的20%的效率。
有没有熟悉lammps gpu编译，做过测评的。现在我是找来找去，没发现问题出在哪儿。

谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
高分子材料分子动力学模拟；软物质理论模拟
1楼 2022-04-05 13:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我之前使用lammps做GPU的测试，有些时候甚至比CPU作业还慢，在同样CPU数量的情况下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuliuHPC
2楼2022-04-11 22:57:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

atomrq

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jluchemlib at 2022-04-11 22:57:06
我之前使用lammps做GPU的测试，有些时候甚至比CPU作业还慢，在同样CPU数量的情况下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好

我这里用2080Ti with 一个4210R silver CPU线程测试LJ体系，速度和32线程的Gold 6130 效率类似，都是1100左右（LJ体系细节如上）。很奇怪，师兄说18年测试过lammps的GPU版本，那时是一个独立的lammps gpu版本，效率和gala差不多。但是现在怎么优化/测试，结果都是只有gala的1/5。
BTW, 看你的昵称，from jlu?
赞一下 回复此楼
高分子材料分子动力学模拟；软物质理论模拟
3楼2022-04-12 19:37:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖仅楼主可见
赞一下
4楼2022-05-19 21:48:32
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

liuliuHPC

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
本帖内容被屏蔽
5楼2022-07-06 16:44:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学员SGbibG

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
太厉害了，lammps实在是太难了
赞一下 回复此楼
6楼2023-04-19 09:43:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiyangtt

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by jluchemlib at 2022-04-11 22:57:06
我之前使用lammps做GPU的测试，有些时候甚至比CPU作业还慢，在同样CPU数量的情况下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好

大佬有兴趣做代算吗？+微tjs7188私聊
赞一下 回复此楼
做计算的虫
7楼2023-11-09 16:40:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shizenan

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
galamost用起来对比gromacs又有什么优势吗
赞一下 回复此楼
8楼2024-01-04 16:21:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 atomrq 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳又变了 +11 wuchongjun 2026-08-20 15/750 2026-08-20 17:28 by wuchongjun
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +9 zju2000 2026-08-16 10/500 2026-08-20 15:56 by Leogzhya
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +16 Ldrop2023 2026-08-13 20/1000 2026-08-20 11:07 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭