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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS vs. Hoomd/Galamost GPU版本效率测评的问题
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atomrq

银虫 (小有名气)

[交流] LAMMPS vs. Hoomd/Galamost GPU版本效率测评的问题 已有6人参与

LAMMPS GPU效率测评问题

个人对hoomd和galamost比较熟，最近用到lammps的一个模块，因此编译了lammps。
服务器搭载2080Ti显卡，编译了kokkos/cuda，lammps为github下载的最新版本。
测试体系为49000 LJ粒子，0.91的密度，rcut=2.5，fene bond标准参数，nvt系综，T=1.0，dt=0.001，TPS (time per second) =1200。
程序运行占用一个MPI进程和一个OMP线程，加一块GPU，运行时GPU占用率82%，看起来一切正常。

然而，同一个机器上，用hoomd和galamost测试发现TPS至少5000，galamost调整一些细节参数，TPS可接近6000。对比之下，lammps gpu version 只有前者的20%的效率。
有没有熟悉lammps gpu编译，做过测评的。现在我是找来找去，没发现问题出在哪儿。

谢谢！
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1楼 2022-04-05 13:20:45
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)
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我之前使用lammps做GPU的测试，有些时候甚至比CPU作业还慢，在同样CPU数量的情况下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好
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liuliuHPC
2楼2022-04-11 22:57:06
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atomrq

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jluchemlib at 2022-04-11 22:57:06
我之前使用lammps做GPU的测试，有些时候甚至比CPU作业还慢，在同样CPU数量的情况下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好

我这里用2080Ti with 一个4210R silver CPU线程测试LJ体系，速度和32线程的Gold 6130 效率类似，都是1100左右（LJ体系细节如上）。很奇怪，师兄说18年测试过lammps的GPU版本，那时是一个独立的lammps gpu版本，效率和gala差不多。但是现在怎么优化/测试，结果都是只有gala的1/5。
BTW, 看你的昵称，from jlu?
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高分子材料分子动力学模拟；软物质理论模拟
3楼2022-04-12 19:37:40
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匿名

用户注销 (著名写手)
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4楼2022-05-19 21:48:32
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liuliuHPC

禁虫 (正式写手)
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5楼2022-07-06 16:44:51
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学员SGbibG

铁虫 (初入文坛)
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太厉害了，lammps实在是太难了
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6楼2023-04-19 09:43:50
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qiyangtt

铁虫 (小有名气)
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引用回帖:
2楼: Originally posted by jluchemlib at 2022-04-11 22:57:06
我之前使用lammps做GPU的测试，有些时候甚至比CPU作业还慢，在同样CPU数量的情况下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好

大佬有兴趣做代算吗？+微tjs7188私聊
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做计算的虫
7楼2023-11-09 16:40:38
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shizenan

木虫 (著名写手)
★
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galamost用起来对比gromacs又有什么优势吗
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8楼2024-01-04 16:21:45
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