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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【转载】Lammps 更新 官方支持 GPU 计算
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antediluvian

金虫 (初入文坛)

[交流] 【转载】Lammps 更新 官方支持 GPU 计算

14 Aug 2009

Mike Brown (Sandia) has created a LAMMPS-specific NVIDIA GPU library and created two pair styles that work with it: pair_style lj/cut/gpu and pair_style gayberne/gpu. This means you can run those pairwise computations within LAMMPS in an accelerated fashion, on one or more NVIDIA GPU cards, assuming your system has them.

The speed-up you'll achieve depends on hardware (both CPU and GPU), the size of your system, the cutoff, and the relative expense of the pairwise computation itself. Mike has seen about a 4x speed-up for the Lennard-Jones potential, and about 100x for the GayBerne.

This section of the manual has background info on the use of GPUs with LAMMPS. We plan to add more GPU-enabled pair styles in the future.

大赞，赶快搞台机器试一下，合适的话将大大降低普通MD计算门槛，值得所有做材料模拟方面同学的关注。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:48 ]
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1楼 2009-09-05 18:03:29
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recoli

金虫 (正式写手)
真牛，顶一下
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2楼2009-09-05 20:01:59
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hooge

木虫 (正式写手)
能用中文解释一下吗
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世界是分为你和他人两个方面的！
3楼2009-09-09 15:55:44
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狼狼乾坤

铁杆木虫 (职业作家)
GPU？？？？？？
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努力找方向！
4楼2009-09-09 21:37:23
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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引用回帖:
Originally posted by 狼狼乾坤 at 2009-9-9 21:37:
GPU？？？？？？

GPU就是显卡
GPU英文全称Graphic Processing Unit,中文翻译为“图形处理器”。GPU是相对于CPU的一个概念,由于在现代的计算机中(特别是家用系统,游戏的发烧友)图形的处理变得越来越重要,需要一个专门的图形的核心处理器。
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5楼2009-09-10 12:56:11
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shalene

至尊木虫 (著名写手)
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-11 18:10
目前所有利用GPU加速的MD程序，都支持Nvidia的CUDA。极少数同时支持AMD的stream
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6楼2009-09-10 13:42:41
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liuyalihd

铜虫 (小有名气)
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-11 18:10
如果利用GPU，那要花钱买GPU机器。普通机器不行的，跑不起来！
GPU不通用，很多intel/AMD 多核机器上跑得很好的程序都不能执行。它要特别写程序的！

不通用是缺陷，体积小价格低是优点。作权衡吧！
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7楼2009-09-11 14:42:46
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antediluvian

金虫 (初入文坛)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-14 12:58
引用回帖:
Originally posted by liuyalihd at 2009-9-11 14:42:
如果利用GPU，那要花钱买GPU机器。普通机器不行的，跑不起来！
GPU不通用，很多intel/AMD 多核机器上跑得很好的程序都不能执行。它要特别写程序的！

不通用是缺陷，体积小价格低是优点。作权衡吧！

你是说Tesla，实际上如果你真的想如此大规模并行的话Tesla是个好的选择，但实际上一般规模的应用只需要普通PC就可以，可以参考各个MD程序的测试机器很多都是普通机器，NAMDpaper里面就是用了8800GTX而已。普通PC加上一块民用级显示卡就可以使用这些程序。GPU的lib和Intel/AMD的肯定不同，但只要你使用的程序可以在上面运行就可以，例如Lammps, Gaussian这些，那就已经可以做很多事情了。至于那些需要通用CPU的程序同样可以在这些机器上运行，无非不调用GPU而已了。
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8楼2009-09-14 12:24:41
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-14 13:55
是要特别写程序。而且不是件容易的事。
要不然干吗lammps/gpu出来让人高兴。
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9楼2009-09-14 13:54:09
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
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香港那个胡仲豪研究组已经在GPU上跑MD了 他们自己写的
我们组也正在买 估计很快可以跑起来了 不过改程序需要很大的精力
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10楼2009-09-14 15:43:13
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