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arthurii木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】用VMD生成psf文件时，一般力场文件能够识别的碱基编号是什么？
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用VMD和pdb文件生成psf，用的是charMm27的文件，我的pdb里面碱基是用DG DT DA DC 表示的。运行脚本生成psf的时候，他说这种residue是unknown的。 我试过换成dG dT dA dC，还有T A C G。这两种都还是识别不了。 看inp文件，看的不是很明白，找不到有对应的碱基编组，只找到蛋白残基的。 请教，DNA碱基的编号应该换成什么才能够被识别？ 或者是inp文件该换成什么样的？ 还有NAMD的手册就是tutoria和guidel吧？里面步骤写的挺详细，但是我想问还有没有一些列出编码指令的帮助手册？ 实在是很多问题，如果觉得一个说不出清楚，可以叫我QQ吗？QQ42961488，注明是小木虫。 诚心求教，感激涕零！ [ Last edited by arthurii on 2009-9-3 at 11:38 ] |
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