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求助，Jmol如何扩胞 已有1人参与
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求助，在windows系统中使用Jmol看过渡态反应路径的时候，关键部分原子在晶胞的边界，看的太难受了，有没有什么方法可以扩胞下，类似于ms的周期性扩胞。 发自小木虫Android客户端 |
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valenhou001
至尊木虫 (职业作家)
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【答案】应助回帖
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写一个jmol的脚本文件，以.spt为后缀（或扩展名的），文件里写入如下的内容，特别是第一行，第一行里通过load命令导入要打开的文件名（可以加上它的路径），你可以修改{....}里的参数，进行扩胞。打开jmol后，直接将该文件拖到jmol的窗口里： load "n9_200879.vasp.cif" packed supercell {1 1 1} #rotate x -75 unitcell 0002 axes 0002 set ambient 40; set specpower 90 #select *; color bonds none; wireframe 0.05 #select tungsten; wireframe off spacefill ionic font axes 30 set minBondDistance 1.0 select *;color bonds none;wireframe 0.0;set bondmode AND select tungsten; wireframe 0.0 select carbon; spacefill 20% select tungsten; color [0,161,255] select boron; spacefill 13%; color atoms white; label "X";set labelalignment center; set labeloffset 0 0; color label red; font label 40 arial bold hide atomZ=[0.0 4.750] |
2楼2022-03-08 08:49:49