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药物分子相互作用、分子对接、靶点预测
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文章来源：公众号“科研讨论圈” 1.CADD：蛋白-小分子、Homology modeling、分子對接軟件、小分子構建、半柔性對接、3D-QSAR模型構建等 2.schrodinger：晶體結構構象比較、柔性對接及基於結構的虛擬篩選、藥效團構建虛擬篩選等 3.amber分子動力學、能量优化、结合自由能计算 4.gromacs蛋白模拟、药物开发溶剂筛选 蛋白-配体相互作用 1.分子对接基础、原理及对接软件介绍 2.分子对接软件（薛定谔) 使用 2.1半柔性对接 2.1.1 小分子配体优化准备 2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.1.3 蛋白受体格点计算 2.1.4 半柔性对接计算 2.2 对接结果评价 2.2.1 晶体结构构象比较 2.2.2 打分角度评价对接结果 2.2.3 构象角度评价对接结果 2.2.4 最优结合构象选择 2.2.5 已知活性化合物对接结果比较 实例讲解与练习：Bcr/Abl靶点抑制剂的分子对接 柔性对接及基于结构的虚拟筛选 2.3 诱导契合柔性对接 2.3.1 小分子配体优化准备 2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.3.3 蛋白受体格点计算 2.3.4 柔性对接计算 2.3.5 柔性对接结果评价 2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择 3.基于结构的虚拟筛选（薛定谔） 3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示 3.2 靶点蛋白选择 3.3 化合物库获取 3.4 虚拟筛选 3.5 结果分析（打分值、能量项分解及相互作用） 4.共价对接（薛定谔） 4.1 蛋白结构准备 4.2 小分子结构准备 4.3 共价对接 4.4 共价对接结果分析 实例讲解与练习：1）Bcr/Abl靶点抑制剂的虚拟筛选 2）EGFR靶点抑制剂共价对接 基于药效团虚拟筛选 5.药效团构建虚拟筛选（薛定谔）及结果分析 5.1 配体和受体结构准备及优化 5.2 基于多配体共同特征构建药效团 5.3 基于蛋白-配体复合物构建药效团 5.4 药效团的特征修饰 5.5 药效团的富集分析 5.6 基于药效团的虚拟筛选 5.7 基于药效团虚拟筛选结果分析 实例讲解与练习： 基于药效团的Bcr/Abl抑制剂虚拟筛选 构效关系模型预测分子活性 6.构效关系模型（3D-QSAR）构建及化合物活性分析 6.1 构效关系基本理论介绍 6.2 分子数据集准备 6.3 3D-QSAR模型构建 6.4 3D-QSAR模型结果分析 6.5 3D-QSAR模型预测新化合物活性 实例讲解与练习： Bcr/Abl抑制剂3D-QSAR构建及分子活性预测 等等等 |
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