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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 编码区序列引物设计
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scying1538

[交流] 编码区序列引物设计

各位前辈好，我要获得一个基因的编码区序列（CDS），该基因在NCBI上有详细序列。我发现在检索中其DNA长10026bp ，CDS为（3143..31623644..3752,6593..6706,6909..7016)
我有查了其mRNA序列 长488 bp ，对应的CDS为 4..354
请教一下；我的引物应该怎么设计，是以DNA的CDS序列为模板呢，（好像这个很长，约3800bp，能扩增的到吗）还是以mRNA序列为模板，谢谢！

[ Last edited by scying1538 on 2009-8-31 at 11:26 ]
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1楼 2009-08-30 15:38:11
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pal2004

木虫 (正式写手)
扩DNA的CDS可以，但是除了要用高保真Taq酶外，最好根据CDS上面的酶切位点，分段扩增，最后连载体之前把扩展片段连起来就行了。
扩小片段总比大片段有把握对吧。
扩cDNA也可以，关键看你的目的是什么，如果你要做SNP这类多样性分析，肯定不能用是吧cDNA是吧。
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2楼2009-09-01 17:30:59
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bioxixi

木虫 (著名写手)
你要扩编码区当然是RNA做模板了，因为也根据RNA来设计
要是用DNA为模板，扩出片段也不一定是你要的目的片段，因为DNA碱基的数量和排列都是多不可计的，很容易出现非特异性扩增。
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3楼2009-09-03 16:35:34
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