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scying1538

[交流] 编码区序列引物设计

各位前辈好,我要获得一个基因的编码区序列(CDS),该基因在NCBI上有详细序列。我发现在检索中其DNA长10026bp ,CDS为(3143..31623644..3752,6593..6706,6909..7016)
我有查了其mRNA序列 长488 bp ,对应的CDS为 4..354
请教一下;我的引物应该怎么设计,是以DNA的CDS序列为模板呢,(好像这个很长,约3800bp,能扩增的到吗)还是以mRNA序列为模板,谢谢!

[ Last edited by scying1538 on 2009-8-31 at 11:26 ]
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pal2004

木虫 (正式写手)

扩DNA的CDS可以,但是除了要用高保真Taq酶外,最好根据CDS上面的酶切位点,分段扩增,最后连载体之前把扩展片段连起来就行了。
扩小片段总比大片段有把握对吧。
扩cDNA也可以,关键看你的目的是什么,如果你要做SNP这类多样性分析,肯定不能用是吧cDNA是吧。
2楼2009-09-01 17:30:59
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bioxixi

木虫 (著名写手)

你要扩编码区当然是RNA做模板了,因为也根据RNA来设计
要是用DNA为模板,扩出片段也不一定是你要的目的片段,因为DNA碱基的数量和排列都是多不可计的,很容易出现非特异性扩增。
3楼2009-09-03 16:35:34
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