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Mi_春春

新虫 (初入文坛)

[求助] chip-seq求助贴 已有1人参与

有没有老师做转录因子chip-seq遇到不够建库质量的问题，如何解决的呢？

@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2022-02-18 23:35:44
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诸葛麻将

新虫 (正式写手)
自己建库

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4楼2022-07-13 13:01:48
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农学0402

铁虫 (小有名气)
你是样品量太低，不够建库吗，还是样品质量不合格？

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2楼2022-02-21 08:33:22
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atikou

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

一般做CHIP-seq的时候，最后富集下来的IP浓度较低，造成的原因有一：样本投入量比较低，导致被富集的下了的DNA比较少。第二：抗体量不够。第三，做的是转录因子，因为转录因子区域本身就比较少，所以相对的能被富集下来的IP样本也比较少。如果对于低浓度的IP样本建库把握较低的或者对实验结果有疑问，可以选择深圳易基因，他们有多年做CHIP-seq的经验，同时能实现对低浓度样本建库。
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3楼2022-03-25 20:04:57
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