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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 色谱质谱 » 【求助】鉴定蛋白质的小分子配体
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叔扬

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】鉴定蛋白质的小分子配体

我学微生物，手头有一个纯化好的蛋白质。该蛋白质的类似蛋白质能结合各种小分子配体（比如说cAMP、GTP、支链氨基酸）。所以我们推测这个蛋白质也可以结合某种小分子配体。

我们已经把这个蛋白质纯化出来。初步结果是，这个蛋白质的分子量比预期的稍大。因此推测这个蛋白质是由于结合了某种小分子配体，分子量才变大的。

如果这个蛋白质真的已经结合了某种小分子配体（很可能是支链氨基酸），请问我该怎样通过质谱等分析手段把这个结果证明？
由于我对质谱分析完全是外行，请各位能够深入浅出地具体介绍一下不同的质谱方法应用于我这个课题的可行性。
谢谢！
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小子无识
1楼 2009-08-28 16:50:16
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yuzhan

木虫 (正式写手)

Keep moving forward
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wingcat(金币+1):谢谢
属于noncovalent binding的工作。找个能做串联的ESI质谱就OK了

PS：这个题目有点老套，目前一般都需要结合其他手段佐证，单独的质谱数据发JMS、RCM之类的应该不容易。最常见的手段就是MD计算。
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2楼2009-08-28 19:57:29
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yulan19992002

至尊木虫 (知名作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wingcat(金币+1):谢谢
2楼说得有道理。
如果使用HPLC、外加分子模拟进行佐证，那就更加完美了。
其实，最好、精确的方法，还是高分辨X衍射。
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3楼2009-08-28 22:13:53
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叔扬

新虫 (初入文坛)
★
opq691(金币+1,VIP+0):新虫发帖奖励 8-31 12:56
据我了解本校有液相色谱-线性离子阱质谱设备，外校某单位有电喷雾离子阱质谱设备。本校的这个设备能胜任我的工作吗？
另外，前面说了我在化学分析方面是彻头彻尾的外行。请问MD是什么方法？
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小子无识
4楼2009-08-31 10:51:35
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yuzhan

木虫 (正式写手)

Keep moving forward
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
opq691(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流，链接打不开？？试试 8-31 12:57
opq691(金币+2,VIP+0):ok 9-2 18:07
引用回帖:
Originally posted by 叔扬 at 2009-8-31 10:51:
据我了解本校有液相色谱-线性离子阱质谱设备，外校某单位有电喷雾离子阱质谱设备。本校的这个设备能胜任我的工作吗？
另外，前面说了我在化学分析方面是彻头彻尾的外行。请问MD是什么方法？

MD是molecular dynamics（分子动力学）的意思。你们学校条件不错嘛，仪器条件应该足够了。

PS：最近心情好，花了一点时间找了篇例子文献给你，可能不是很贴切，但是可以反映最近的研究趋势。

DOI: 10.1002/jms.1529

http://www3.interscience.wiley.com/journal/121536727/abstract

BTW：本来想用短链接显得整洁一些，但是凭记忆的DOI的链接规则有误，只好重新贴上JMS的真实链接。多谢斑竹提醒。

[ Last edited by yuzhan on 2009-8-31 at 13:12 ]
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5楼2009-08-31 12:48:10
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叔扬

新虫 (初入文坛)
十分感谢楼上的帮助！文章对于我来说好高深啊，头都大啦。
在我们微生物学这个领域，涉及到数理的不多。我们研究某种微生物的某种蛋白质。在生物体内超量表达，得到一种不同于野生型的表型；在生物体内让该蛋白质的基因缺失，又得到另一种不同于野生型的表型。综合分析这些表型，推测这个蛋白质的可能作用。
恰巧我现在做的蛋白质可能结合某种配体。如果知道了其配体，对于说明我们的表型能起到锦上添花的效果。
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小子无识
6楼2009-09-02 10:50:10
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