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casjxm铜虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】abinit中怎样输入空间群信息
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比如我想计算152号空间群P3(1)21的化合物性质 输入 acell 9.28528 9.28528 1.021324E+01 angdeg 90 90 120 xred 中输入单胞中的原子坐标 计算时abinit总是识别空间群为P1，那怎样输入才能让abinit识别我的输入为我想要的P3(1)21呢？abinit对空间群的指认是一个怎样的过程？ 该问题已解决，无需回答！ [ Last edited by casjxm on 2009-8-28 at 16:06 ] |
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输入文件里需要输入的是一个单胞内的所有原子，cif文件中给的是一个不重复单元的所有原子，所以可用diamond打开cif文件，画出一个单胞，然后导出每个原子的坐标，再删掉重复的原子，如顶点占位的原子导出后会有8个，实际上只需要一个就行了，由于abinip对空间群自动识别时对坐标精度要求高，diamond导出时坐标精度只有达到4到5个小数点，所以坐标要再确认，要根据对称关系看，特殊位点的坐标要另外确认，即如果是1/3位置，不能写成0.3333，要写成1/3或0.333333333333, 也可以强制加spgroup 指认，这时精确度就不会要求那么高了。 No. Atom Symmetry xc yc zc 1 Li1 x, y, z 0.25000 0.25000 0.25000 2 Li1 x, 0.5+y, 0.5+z 0.25000 0.75000 0.75000 3 Li1 0.5+x, y, 0.5+z 0.75000 0.25000 0.75000 4 Li1 0.5+x, 0.5+y, z 0.75000 0.75000 0.25000 5 Li1 1-y, x, z 0.75000 0.25000 0.25000 6 Li1 1-y, 0.5+x, 0.5+z 0.75000 0.75000 0.75000 7 Li1 0.5-y, x, 0.5+z 0.25000 0.25000 0.75000 8 Li1 0.5-y, 0.5+x, z 0.25000 0.75000 0.25000 1 O1 x, y, z 0.00000 0.00000 0.00000 2 O1 x, 0.5+y, 0.5+z 0.00000 0.50000 0.50000 3 O1 0.5+x, y, 0.5+z 0.50000 0.00000 0.50000 4 O1 0.5+x, 0.5+y, z 0.50000 0.50000 0.00000 |
9楼2009-11-11 08:26:16