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casjxm

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】abinit中怎样输入空间群信息

比如我想计算152号空间群P3(1)21的化合物性质
输入
acell  9.28528  9.28528  1.021324E+01
angdeg 90 90 120
xred 中输入单胞中的原子坐标

计算时abinit总是识别空间群为P1，那怎样输入才能让abinit识别我的输入为我想要的P3(1)21呢？abinit对空间群的指认是一个怎样的过程？



该问题已解决，无需回答！

[ Last edited by casjxm on 2009-8-28 at 16:06 ]
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1楼 2009-08-28 15:23:42
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xirainbow

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币-1,VIP+0):thank you very much! 8-28 23:14
casjxm(金币+5,VIP+0): 8-29 14:39
你输入的原子位置的小数点的位数不够
abinit好像是要达到10-6
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2楼2009-08-28 16:55:45
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condensed

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
yjr(金币+1,VIP+0):谢谢！！ 8-28 21:40
casjxm(金币+5,VIP+0): 8-29 14:39
acell  9.28528  9.28528  1.021324E+01
angdeg 90 90 120
xred 中输入单胞中的原子坐标

有这些了，空间群就确定了啊
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3楼2009-08-28 19:02:22
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shxincui518

铜虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
casjxm(金币+5,VIP+0): 8-29 14:38
问题解决了，给点金币也成啊！呵呵！
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4楼2009-08-28 22:55:42
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identation

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2009-8-28 19:02:
acell  9.28528  9.28528  1.021324E+01
angdeg 90 90 120
xred 中输入单胞中的原子坐标

有这些了，空间群就确定了啊

你好！请问一下：例如做Mg2Si的计算，晶胞定义中输入如下信息

  # Definition of the unit cell
          nstep   10            
         diemac   12.0           
           ecut   8.0            
          typat   1  2            
         ntypat   2              
          znucl   12 14            
          natom   2              
          acell   3*12.000      
          angdeg  90 90 90
          rprim   0.0  0.5  0.5  
                  0.5  0.0  0.5
                  0.5  0.5  0.0
           xred                 
                  0.0  0.0  0.0  
                  1/4  1/4  1/4  
为什么我想输入的空间群是F-M3M，而abinit识别的空间群是F-43M？
求高人解释一下！谢谢！
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5楼2009-10-06 11:35:00
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zzy1123

木虫 (小有名气)
angdeg 和rprim貌似不能同时出现
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6楼2009-10-16 10:58:45
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casjxm

铜虫 (正式写手)
把znucl   12 14 改成znucl   14 12
再把rprim的三行注释掉就可以了
引用回帖:
Originally posted by identation at 2009-10-6 11:35:


你好！请问一下：例如做Mg2Si的计算，晶胞定义中输入如下信息

  # Definition of the unit cell
          nstep   10            
         diemac   12.0           
           ecut   8.0         ...

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7楼2009-10-16 11:43:24
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tanloer

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by casjxm at 2009-8-28 15:23:
比如我想计算152号空间群P3(1)21的化合物性质
输入
acell  9.28528  9.28528  1.021324E+01
angdeg 90 90 120
xred 中输入单胞中的原子坐标

计算时abinit总是识别空间群为P1，那怎样输入才能让abinit识别我 ...

请问如何解决的？比如Li2O的？FM3M（225），a=4.619，Li在fcc的O晶格中的四面体位置。如何定义呢？
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8楼2009-11-11 01:12:37
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casjxm

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tanloer at 2009-11-11 01:12:


请问如何解决的？比如Li2O的？FM3M（225），a=4.619，Li在fcc的O晶格中的四面体位置。如何定义呢？

输入文件里需要输入的是一个单胞内的所有原子，cif文件中给的是一个不重复单元的所有原子，所以可用diamond打开cif文件，画出一个单胞，然后导出每个原子的坐标，再删掉重复的原子，如顶点占位的原子导出后会有8个，实际上只需要一个就行了，由于abinip对空间群自动识别时对坐标精度要求高，diamond导出时坐标精度只有达到4到5个小数点，所以坐标要再确认，要根据对称关系看，特殊位点的坐标要另外确认，即如果是1/3位置，不能写成0.3333，要写成1/3或0.333333333333, 也可以强制加spgroup 指认，这时精确度就不会要求那么高了。

No.   Atom   Symmetry          xc         yc        zc         
1     Li1    x, y, z            0.25000    0.25000   0.25000   
2    Li1    x, 0.5+y, 0.5+z    0.25000    0.75000   0.75000   
3     Li1    0.5+x, y, 0.5+z    0.75000    0.25000   0.75000   
4     Li1    0.5+x, 0.5+y, z    0.75000    0.75000   0.25000   
5     Li1    1-y, x, z          0.75000    0.25000   0.25000   
6    Li1    1-y, 0.5+x, 0.5+z  0.75000    0.75000   0.75000   
7    Li1    0.5-y, x, 0.5+z    0.25000    0.25000   0.75000   
8    Li1    0.5-y, 0.5+x, z    0.25000    0.75000   0.25000   
1    O1     x, y, z            0.00000    0.00000   0.00000   
2    O1     x, 0.5+y, 0.5+z    0.00000    0.50000   0.50000   
3    O1     0.5+x, y, 0.5+z    0.50000    0.00000   0.50000   
4    O1     0.5+x, 0.5+y, z    0.50000    0.50000   0.00000
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9楼2009-11-11 08:26:16
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