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科研bxnb

新虫 (初入文坛)

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虫号: 27078248
注册: 2021-08-23
性别: MM
专业: 蛋白质组学

[交流] Exosome RNA测序已有2人参与

Exosome(外泌体)是活细胞分泌的来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的膜性囊泡,存在于体液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究发现,exosome内含有与细胞来源相关的蛋白质、脂质和各类核酸分子,尤其是miRNA和lncRNA。Exosome能够通过生物屏障,在细胞间传递功能性核酸分子,从而发挥各种生物学功能,有望成为一种新型给药途径及基因治疗载体。

样本要求

• 样品类型:血清、血浆、尿液、唾液或细胞上清液

• 样品量:细胞上清液:大于15mL;血清、血浆:大于4mL。

• 样品保存:细胞上清液:用无血清培养基培养细胞至80%密度后收集至RNase Free EP管;血清血浆:新鲜血液分离血清/血浆后,转移至-80冰箱。

• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。

• 备注:如客户已分离出外泌体,可保存-80℃,干冰运输。

测序方案

分析对象:miRNA

测序模式 SE50

测序数据量 10Mb clean reads

分析对象:mRNA+lncRNA+circRNA

测序模式 PE150

测序数据量 10Gb clean data

生物信息分析内容

circRNA分析内容

1 原始数据质控检查

2 比对结果质控检查

3 基于基因表达的样品主成分分析

4 差异基因表达及相关通路富集分析

5 circRNA预测及鉴定

6 circRNA差异分析

7 差异circRNA宿主基因的通路富集分析

8 差异circRNA的靶向miRNA预测分析

9 长链非编码RNA差异分析

10 基于基因表达的通路活性分析

11 转录调控活性分析及通路互作分析

12 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

13 circRNA及靶向miRNA网络调控制图

miRNA分析内容

1 miRNA测序分析

2 原始数据质控检查

3 比对结果质控检查

4 新miRNA预测

5 ncRNA注释(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA / piRNA)

6 基于miRNA表达的样品主成分分析

7 miRNA差异分析

8 差异miRNA靶基因GO功能分析

9 差异miRNA靶基因通路分析

10 差异miRNA与差异表达基因调控分析(如果有mRNA测序结果)

11 差异miRNA与差异表达基因网络绘图(如果有mRNA测序结果)

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