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[交流]
Schrodinger--柔性对接 ，，基于结构的虚拟筛选
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计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新机理和新思路。 本次计算机辅助药物设计系列课程共分两个专题，《基础班：CADD专题》、《进阶班：薛定谔专题》。每个专题单独小班授课，运用不同的专业软件对知识进行由浅入深，层层递进分阶段系统讲解，配合案例边讲边练，让学员能运用专业软件针对每个技术点进行上机操作； 2、帮助学员掌握和运用计算机辅助药物设计专业软件工具应用于先导化合物发现和优化的药物分子设计过程，提高药物设计水平、速度和成功率，使药物设计从基于偶然性趋向于定向化和合理化。课堂上建立班级交流平台，学员学完后可以继续与老师同学交流问题，巩固学习内容。 基础班：CADD专题培训 2022年01月08日-01月09日 在线直播（授课2天） 2022年01月15日-01月16日 在线直播（授课2天） 进阶班：薛定谔专题培训 2022年01月22日-01月23日 在线直播（授课2天） 系列课程（一）基础班：CADD专题线上培训课表 课程名称 课程内容 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 1. Pymol 软件介绍 1.1 软件安装及初始设置 1.2 基本知识介绍（如氢键等） 2.Pymol 软件使用 2.1蛋白小分子相互作用图解 2.2 蛋白蛋白相互作用图解 2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示 2.4蛋白及小分子结构叠加及比对 2.5绘相互作用力 2.6 Pymol动画制作 3.实例讲解与练习： （1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图 （2）制作结合口袋表面图 （3）Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合 （4）制作蛋白相互作用动画 （5）针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用图 Cartoon Surface Surface of binding site 图一：Pymol 软件制作蛋白表面图 课程名称 课程内容 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 1. Pymol 软件介绍 1.1 软件安装及初始设置 1.2 基本知识介绍（如氢键等） 2.Pymol 软件使用 2.1蛋白小分子相互作用图解 2.2 蛋白蛋白相互作用图解 2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示 2.4蛋白及小分子结构叠加及比对 2.5绘相互作用力 2.6 Pymol动画制作 3.实例讲解与练习： （1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图 （2）制作结合口袋表面图 （3）Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合 （4）制作蛋白相互作用动画 （5）针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用图 详情可参考： https://share.weiyun.com/2fn2QcJN |
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