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lb1586551铜虫 (小有名气)
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【求助】请问这个电子密度差图怎么得来的
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如下这个图是complex与单体的电子密度差，我不知道怎么得到的，请高手指点 [ Last edited by loovfnd on 2009-8-27 at 09:06 ] |
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2楼2009-08-26 19:24:07
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4楼2009-08-26 21:24:54
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5楼2009-08-26 21:46:12
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6楼2009-08-27 09:03:42
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7楼2009-08-27 09:05:11
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Gaussian中cubman的操作方法
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
loovfnd(金币+10,VIP+0):辛苦了，期待你的另一个教程！ 8-27 16:31
loovfnd(金币+0,VIP+0):下面这三个图都表示密度差？ 密度差主要用来解释什么呢！ 8-27 16:37
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loovfnd(金币+0,VIP+0):下面这三个图都表示密度差？ 密度差主要用来解释什么呢！ 8-27 16:37
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中午临时有事，就不写教程了，周日再写吧。Gaussian中cubman的操作方法，见下面的例子： 以两种不同状态的乙烯分子为例，介绍如何获得它们的电子密度分布的差别。大家都是用Gaussian的，我就不多解释了，直接上gjf文件吧。如果gjf文件看不懂，就别在这儿混了。 ====gjf文件开始=== %chk=G:\sundries\C2H4\C2H4-L.chk # hf/sto-3g Low spin 0 1 C 0.00000000 0.00000000 0.67760000 H 0.92664718 0.00000000 1.21260000 H -0.92664718 0.00000000 1.21260000 C 0.00000000 0.00000000 -0.67760000 H 0.92664718 0.00000000 -1.21260000 H -0.92664718 0.00000000 -1.21260000 --Link1-- %chk=G:\sundries\C2H4\C2H4-H.chk # hf/sto-3g High spin 0 3 C 0.00000000 0.00000000 0.67760000 H 0.92664718 0.00000000 1.21260000 H -0.92664718 0.00000000 1.21260000 C 0.00000000 0.00000000 -0.67760000 H 0.92664718 0.00000000 -1.21260000 H -0.92664718 0.00000000 -1.21260000 ====gjf文件结束==== 运行这个gjf文件，获得C2H4-H.chk和C2H4-L.chk两个文件之后，打开DOS（这个DOS指的是Windows的命令行操作系统Disk Operation System）红色字体是我输入的，黑色字体是DOS的提示 ====DOS操作开始==== Microsoft Windows XP [Version 5.1.2600] (C) Copyright 1985-2001 Microsoft Corp. C:\Documents and Settings\Administrator>d: D:\>cd programfiles\gaussian03w D:\ProgramFiles\gaussian03w>formchk G:\sundries\C2H4\C2H4-H.chk G:\sundries\C2H4\C2H4-H.fchk Read checkpoint file G:\sundries\C2H4\C2H4-H.chk Write formatted file G:\sundries\C2H4\C2H4-H.fchk Rotating derivatives, DoTrsp=T IDiff= 1 LEDeriv= 353 LFDPrp= 0 LDFDPr= 0. D:\ProgramFiles\gaussian03w>formchk G:\sundries\C2H4\C2H4-L.chk G:\sundries\C2H4\C2H4-L.fchk Read checkpoint file G:\sundries\C2H4\C2H4-L.chk Write formatted file G:\sundries\C2H4\C2H4-L.fchk Rotating derivatives, DoTrsp=T IDiff= 1 LEDeriv= 353 LFDPrp= 0 LDFDPr= 0. D:\ProgramFiles\gaussian03w>cubegen 0 density G:\sundries\C2H4\C2H4-H.fchk G:\sundries\C2H4\C2H4-H-D.cube 0 h D:\ProgramFiles\gaussian03w>cubegen 0 density G:\sundries\C2H4\C2H4-L.fchk G:\sundries\C2H4\C2H4-L-D.cube 0 h D:\ProgramFiles\gaussian03w>cubman Action [Add, Copy, Difference, Properties, SUbtract, SCale, SQuare]? subtract First input? G:\sundries\C2H4\C2H4-H-D.cube Is it formatted [no,yes,old]? yes Opened special file G:\sundries\C2H4\C2H4-H-D.cube. Second input? G:\sundries\C2H4\C2H4-L-D.cube Is it formatted [no,yes,old]? yes Opened special file G:\sundries\C2H4\C2H4-L-D.cube. Output file? G:\sundries\C2H4\C2H4-LH-Different.cube Should it be formatted [no,yes,old]? yes Opened special file G:\sundries\C2H4\C2H4-LH-Different.cube. Input file titles: High spin density Electron density from Total SCF Density Input file titles: High spin densit Electron density from Total SCF Density SumAP= 12.0019420655 SumAN= 0.0000000000 SumA= 12.0019420655 CAMax= 2.1672300000 XYZ= -0.0360500000 -0.0360500000 1.3091610000 CAMin= 0.0000000000 XYZ=-9999.0000000000-9999.0000000000-9999.0000000000 SumBP= 12.0019319790 SumBN= 0.0000000000 SumB= 12.0019319790 CBMax= 2.1577300000 CBMin= 0.0000000000 SumOP= 0.1979999629 SumON= -0.1979898763 SumO= 0.0000100865 COMax= 0.0428610000 COMin= -0.0297300000 DipAE= 0.0002322172 0.0002783966 -0.0003923874 DipAN= 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 DipA= 0.0002322172 0.0002783966 -0.0003923874 DipBE= 0.0002261708 0.0002769231 -0.0003922251 DipBN= 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 DipB= 0.0002261708 0.0002769231 -0.0003922251 DipOE= 0.0000060464 0.0000014735 -0.0000001623 DipON= 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 DipO= 0.0000060464 0.0000014735 -0.0000001623 D:\ProgramFiles\gaussian03w> ====DOS操作结束==== 用GaussView打开C2H4-LH-Different.cube，生成附件中的三个图，就OK了 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-8-27 at 10:31 ] |
8楼2009-08-27 10:17:02
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