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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助：建立的初始简单晶体体系(NaCl结构)，npt弛豫时即发生体系“爆炸”
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木棉和我

木虫 (职业作家)

[求助] 求助：建立的初始简单晶体体系(NaCl结构)，npt弛豫时即发生体系“爆炸” 已有1人参与

如题，建立了一个NbC完美晶体，尺寸与取向分别为：10a*10a*10a; X-[100], Y-[010], and Z-[001]。

准备简单计算一下相关势函数下的晶格常数，即在5K下进行npt保温弛豫，模型开始计算则发生“爆炸”。具体Lammps运行脚本如下：

units                metal
boundary        p p p
atom_style        atomic

read_data        nbc_c10-10-10.lmp             #perfect NbC crystal (NaCl structure)；由Atomsk建立.

pair_style                meam/c
pair_coeff        * * library.meam Nb Fe C NbFeC.meam Nb C

timestep                0.001
thermo                100
thermo_style        custom step temp pe ke etotal epair press vol lx ly lz

restart                100000 fcc-Fe.restart
neighbor                0.5 bin
neigh_modify        every 2 delay 10 check yes

dump                1 all custom 100000 dump.lattice-nbc-5K.* id type x y z

velocity                all create 5 123456 dist gaussian
fix                        1 all npt temp 5 5 0.1 iso 0 0 0.1
run                        500000
unfix                1

undump                1

相关势函数、in文件及初始晶体请见附件。

另外，MD构建初始晶体时，是否需要考虑晶体结构的化学键类型？还是只是需要把各类原子的初始位置确定，而化学键类型主要影响作用力，作用力通过势函数体现？或者说，建立MD结构模型时，是不是仅有位置信息，没有其他信息，其他信息由势函数决定。

请相关老师们帮忙解答一下，十分感谢。
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1楼 2021-12-10 17:28:32
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
温度过高。你先查找一下这个材料的熔点是多少。

发自小木虫Android客户端
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2楼2021-12-11 06:34:54
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1. 一些体系还有键角、二面角等信息的，不过也会包含在相应的势函数里。

2. 我们建立体系，需要有一个对比的基准，例如一些文章中的数据。你应该做个能量最小化，看得到的晶格常数、共聚能这些东西是不是和参考文献对的上。再跑动力学。
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3楼2021-12-12 00:26:14
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木棉和我

木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2021-12-11 06:34:54
温度过高。你先查找一下这个材料的熔点是多少。

老师，您好。NbC的熔点是3500 ℃；模型运行温度是5 K，应该不是这个原因。谢谢您！
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4楼2021-12-13 08:34:26
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木棉和我

木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lx_PICO at 2021-12-12 00:26:14
1. 一些体系还有键角、二面角等信息的，不过也会包含在相应的势函数里。

2. 我们建立体系，需要有一个对比的基准，例如一些文章中的数据。你应该做个能量最小化，看得到的晶格常数、共聚能这些东西是不是和参考文 ...

谢谢老师您的解答！
1. 也就说MD晶体构型中，只有位置信息(结果中，可以根据原子位置与速度，提取相关参量)；然后原子间作用力的影响因素，如化学键类型、电荷等，是直接由势函数体现，对吗？
2. 这个模型是这样的，就是根据文献中的势函数计算出的NbC晶格常数，我建立了一个完美NbC晶体(NaCl结构)。我想确定一下，这个势函数下NbC的晶格常数是不是如文献中所述，于是简单的对完美NbC晶体做了NPT保温，结果体系“爆炸”了。我也尝试过对这个NbC晶体进行cg法的能量最小化，但最小化好像对整个晶体原子位置毫无影响，因为本身建立的NbC晶体就是完美的Nb：C=1:1的NaCl结构。
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5楼2021-12-13 08:47:32
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