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于目目分

新虫 (初入文坛)

[求助] forcite大量分子在晶面上的分子动力学模拟(物理吸附)有哪些文献可以看下操作吗 已有1人参与

可以和我说下进行很多分子在晶面上的分子动力学模拟(物理吸附)有哪些文献可以学习吗

@smutao @oxox6085 发自小木虫Android客户端
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1楼 2021-11-09 18:58:13
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
文献不不会告诉你具体操作细节
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分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2021-11-12 19:06:09
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 于目目分 at 2021-11-17 10:26:55
大佬有啥关于这方面操作的书籍可以推荐一下吗
...

吸附用Sorption模块，
MD用Forcite模块

1、先构建晶体结构（切好晶面）
2、用Sorption模块做吸附，可以固定吸附量吸附，也可以固定压强吸附
3、第2步可得吸附后的构型，此即MD模拟的初始构型，然后用Forcite跑MD
4、跑完MD，用Forcite-Analysis分析结果
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分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
4楼2021-11-17 17:07:55
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于目目分

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2021-11-17 17:07:55
吸附用Sorption模块，
MD用Forcite模块

1、先构建晶体结构（切好晶面）
2、用Sorption模块做吸附，可以固定吸附量吸附，也可以固定压强吸附
3、第2步可得吸附后的构型，此即MD模拟的初始构型，然后用Forcite ...

这些我还了解一点，请问大佬要是做在溶液中的吸附要怎么进行，我之前用fixed loading吸附上去之后再用吸附等温线和forcite模拟，效果都不太好

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5楼2021-11-17 19:05:47
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 于目目分 at 2021-11-17 19:05:47
这些我还了解一点，请问大佬要是做在溶液中的吸附要怎么进行，我之前用fixed loading吸附上去之后再用吸附等温线和forcite模拟，效果都不太好
...

气体吸附在液体中？
液体吸附在液体中？

fixed loading吸附之后不用再算吸附等温曲线，直接就Forcite跑分子动力学模拟
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分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
6楼2021-11-17 19:17:00
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 于目目分 at 2021-11-17 19:35:41
两种都有，我是模拟氢氧直接合成过氧化氢在Pd晶面上的反应，可是效果好像不太行...

此处不用管H2O2是气体还是液体

总之是H2和O2在Pd上的吸附，反应，扩散，一般用DFT去算吸附和反应，扩散表面的扩散一般忽略不计
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于目目分
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
8楼2021-11-17 22:17:24
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于目目分

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2021-11-12 19:06:09
文献不不会告诉你具体操作细节

大佬有啥关于这方面操作的书籍可以推荐一下吗

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3楼2021-11-17 10:26:55
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于目目分

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2021-11-17 19:17:00
气体吸附在液体中？
液体吸附在液体中？

fixed loading吸附之后不用再算吸附等温曲线，直接就Forcite跑分子动力学模拟...

两种都有，我是模拟氢氧直接合成过氧化氢在Pd晶面上的反应，可是效果好像不太行
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7楼2021-11-17 19:35:41
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于目目分

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2021-11-17 22:17:24
此处不用管H2O2是气体还是液体

总之是H2和O2在Pd上的吸附，反应，扩散，一般用DFT去算吸附和反应，扩散表面的扩散一般忽略不计...

是这样的，我的每次都是O2吸附特别多，看了下吸附热几百多，已经发生反应了，晶面上放溶剂只能放几个，还没O2多，不太清楚要怎么弄了

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9楼2021-11-17 23:19:12
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于目目分

新虫 (初入文坛)
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8楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2021-11-17 22:17:24
此处不用管H2O2是气体还是液体

总之是H2和O2在Pd上的吸附，反应，扩散，一般用DFT去算吸附和反应，扩散表面的扩散一般忽略不计...

大佬你好，我想向您请教一下这张吸附过程模拟图是怎么得到的，是用forcit还是sorption模拟出来的
forcite大量分子在晶面上的分子动力学模拟(物理吸附)有哪些文献可以看下操作吗



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10楼2021-11-22 10:55:13
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