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猫球er

新虫 (初入文坛)

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[交流] Pcr 吸虫囊蚴序列比对，同源性分析问题求指教！

虫友们大家好，我目前做三种吸虫囊蚴DNA测序，用的ITS2通用引物，双向测序，目标520bp。华支睾和东方次睾囊蚴我在ncbi上都比对到结果了，可是台湾次睾囊蚴比对出来是其他虫种，可是通过形态鉴定我很肯定是台湾。我也找不着那虫的基因组，不知道是我不会找还是根本就没有人做过这虫的基因组，刚做基因，特别小白。。。

我想问如果在ncbi上没我做的台湾次睾吸虫的基因组序列是不是说明没有人上传过啊？那我就算提了囊蚴的基因组也没办法比对是吗，那我还能用什么方法从分子角度证明囊蚴和成虫是一个种呢，可以分别把囊蚴和成虫进行测序然后进行比对吗，哪个软件可以做呢，DNAMAN ？mega.？看不太懂。对了，我还要做一个系统发生树，我看论文上别人用ITS2数据库截取ITS2序列，520左右的bp最后只剩300左右。。第一次提问有点多，希望有高人指点，小妹感激不尽……

发自小木虫Android客户端

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