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高通量测序分析环境微生物（微生物菌群分析、微生物多样性分析、微生物群落分析）
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高通量测序分析环境微生物（微生物菌群分析、微生物多样性分析、微生物群落分析） 北京宝杰罗生物科技有限公司 地址：北京市朝阳区石佛营西里12号丰苑大厦b座1203室 邮编：100025 电话：010－65945597 010－65919547 传真：010－65919547 手机：13717768726(微信号） 产品销售e-mail：biogenro88@126.com 技术服务e-mail：biogenro55@126.com 公司网站：https://www.biogenro.net 研究对象： 样品来源：土壤、海洋、活性污泥、动物肠道、口腔、胃、粪便、酒曲、窖泥、发酵液、菌剂、食品等； 样品形式：环境样品、基因组dna、pcr产物； 菌群多样性组成谱测序研究 菌群多样性组成谱测序以细菌/古菌16s rrna基因可变区、真菌18s rrna基因可变区或真菌its（internal transcribed spacer）内转录间隔区等微生物特征序列（signature sequence）为靶点，通过检测序列的变异和数量，反映菌群中各类微生物物种的身份和丰度，从而快速解码菌群物种分布特征，阐明样本间多样性和组成差异，进而发现差异相关物种。 产品特点 1. 直接对菌群样本中的微生物特征序列进行扩增检测，简单快速且性价比高，并克服了绝大部分微生物无法纯培养的难题； 2. 自动化、专业的dna提取流程，配合高保真dna聚合酶进行pcr扩增，并严格把控扩增循环数，确保菌群组成客观真实； 3. 使用illumina miseq的小型化测序平台，周期更短，读长更长（2′300 bp），每个样本都能一次性获得数万条序列，即使低丰度物种也能精确定量； 4. 多种物种注释数据库可选，根据样本来源按需选择greengenes/silva/homd/rdp/unite/maarjam等数据库，最优化物种的分类鉴定； 5. 可对菌群进行代谢功能预测，通过组成数据，解读潜在功能，并能指导后续宏基因组测序研究。 实验流程 微生物组总dna提取→目标片段pcr扩增→扩增产物检测定量→测序文库制备→上机进行高通量测序 分析流程 典型分析结果展示 菌群物种分类组成的krona交互展示图 unifrac pcoa分析的样本三维排序图 lefse组间差异物种的显著性排序图 lefse组间差异物种的分类等级树图 rda约束排序图 物种互作关联网络图 基于16s rrna基因的picrust功能预测小提琴图 值得一试的深度分析内容 分析项目 分析要求 cap主坐标典型相关分析 分组≥ 2 菌群分型（enterotype）分析 样本≥ 20 roc曲线建模验证分析 分组≥ 2 otu—样本二分网络分析 样本≥ 3 物种——功能一致性circos分析 样本≥ 3 … … 分析内容 分析项目 分析 备注 基础分析项目 原始测序数据的质控 1 原始测序数据的处理 √ 2 疑问序列的剔除 √ 3 高质量序列长度分布统计 √ 序列归并和otu划分 1 otu划分 √ 2 otu分类地位鉴定 √ 3 otu精简和分类鉴定结果统计 √ 4 多样本共有otu的venn图分析 √ 样本（组）≤ 5 常规分析项目 alpha多样性分析 1 rarefaction稀疏曲线 √ 2 specaccum物种累积曲线 √ 样本≥ 10 3 丰度等级曲线 √ 4 alpha多样性指数计算 √ 分类组成分析 1 各分类水平的微生物类群数统计 √ 2 各分类水平的分类学组成分析 √ 3 metastats分析 √ 样本（组）≥ 2 4 lefse分析 √ 分组≥ 2 群落组成交互式可视化 1 系统发育树构建 √ 2 megan可视化展示 √ 3 graphlan可视化展示 √ 4 krona交互式展示 √ 5 热图分析 √ 样本≥ 3 beta多样性分析 1 pca分析 √ 样本≥ 3 2 unifrac-pcoa分析 √ 样本≥ 3 3 unifrac-mds分析 √ 样本≥ 5 4 unifrac-upgma聚类分析 √ 样本≥ 3 5 基于unifrac距离的多组比较和箱线图展示 √ 分组≥ 2 高级分析项目 菌群比较分析和关键物种筛选 1 rda分析 √ 样本≥ 3：提供影响因素数值或分组≥ 2 2 pls-da分析 √ 分组≥ 2 3 adonis/permanova分析 √ 样本≥ 3：提供影响因素数值或分组≥ 2 4 anosim分析 √ 分组≥ 2 5 随机森林分析 √ 分组≥ 2 优势物种互作关联网络分析 √ 样本（组）≥ 3 群落代谢功能预测 √ 仅限16s rrna基因数据 送样要求 1 1. 样品类型： dna 2. 样品需求量：≥500ng 3. 样品浓度： ≥10ng/μl 4. 样品纯度：od260/280=1.8-2.0并确保dna无降解 5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。 送样要求 2 1. 样品类型： pcr产物 2. 样品需求量：≥100ng 3. 样品浓度： ≥5ng/μl 4. 样品纯度：od260/280=1.8-2.0并确保pcr产物无降解 5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。 [ Last edited by 宝杰罗生物 on 2021-10-29 at 09:06 ] |
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