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xuannnn

新虫 (正式写手)

[求助] 转录组数据分析 已有1人参与

请问已有2种植物（野生型和突变型）的转录组测序结果，如何找到某一基因在两种植物中的表达量？如何将该基因的序列提取出来看其编码蛋白序列是否发生变异？小白，希望大神告知可以用什么软件解决问题
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1楼 2021-09-14 21:22:42
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kobee57

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
xuannnn: 金币+2, ★有帮助 2021-09-18 09:59:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by xuannnn at 2021-09-15 09:04:07
之前有其他人组装过，并且做了基因差异表达和功能注释的聚类分析，结果发现都聚集到花青素合成途径了，关于类胡萝卜素的合成并没有差异表达，请问有什么方法可以挑出转录组中关于类胡萝卜素合成酶基因的表达量？
...

根据他基因注解，把相关的基因挑出来就可以做了

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7楼2021-09-15 15:56:56
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kobee57

新虫 (小有名气)
根据物种参考基因组，设计引物把野生型和突变株基因cds扩出来就行了啊

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2楼2021-09-15 00:07:46
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kobee57

新虫 (小有名气)
你的两个材料没有组装成基因组，所以不可能提取你想要的序列。

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3楼2021-09-15 00:08:47
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xuannnn

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kobee57 at 2021-09-15 00:07:46
根据物种参考基因组，设计引物把野生型和突变株基因cds扩出来就行了啊

谢谢，我的物种没有参考基因组，但是已经组装成unigene，有方法可以把某一基因的表达量调出来吗（新手小白求教）

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4楼2021-09-15 08:59:33
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