24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 808  |  回复: 6
【悬赏金币】回答本帖问题,作者xuannnn将赠送您 1 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xuannnn

新虫 (正式写手)

[求助] 转录组数据分析已有1人参与

请问已有2种植物(野生型和突变型)的转录组测序结果,如何找到某一基因在两种植物中的表达量?如何将该基因的序列提取出来看其编码蛋白序列是否发生变异?小白,希望大神告知可以用什么软件解决问题
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kobee57

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xuannnn: 金币+2, 有帮助 2021-09-18 09:58:37
引用回帖:
4楼: Originally posted by xuannnn at 2021-09-15 08:59:33
谢谢,我的物种没有参考基因组,但是已经组装成unigene,有方法可以把某一基因的表达量调出来吗(新手小白求教)
...

如果有人做过转录组分析,你可以根据相关基因把表达量结果提取出来,没人做的话,就只能只有自己提RNA,做定量

发自小木虫IOS客户端
6楼2021-09-15 15:56:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

kobee57

新虫 (小有名气)

根据物种参考基因组,设计引物把野生型和突变株基因cds扩出来就行了啊

发自小木虫IOS客户端
2楼2021-09-15 00:07:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kobee57

新虫 (小有名气)

你的两个材料没有组装成基因组,所以不可能提取你想要的序列。

发自小木虫IOS客户端
3楼2021-09-15 00:08:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuannnn

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kobee57 at 2021-09-15 00:07:46
根据物种参考基因组,设计引物把野生型和突变株基因cds扩出来就行了啊

谢谢,我的物种没有参考基因组,但是已经组装成unigene,有方法可以把某一基因的表达量调出来吗(新手小白求教)

发自小木虫Android客户端
4楼2021-09-15 08:59:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
信息提示
请填处理意见