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xuannnn

新虫 (正式写手)

[求助] 转录组数据分析已有1人参与

请问已有2种植物(野生型和突变型)的转录组测序结果,如何找到某一基因在两种植物中的表达量?如何将该基因的序列提取出来看其编码蛋白序列是否发生变异?小白,希望大神告知可以用什么软件解决问题
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kobee57

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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xuannnn: 金币+2, 有帮助 2021-09-18 09:58:37
引用回帖:
4楼: Originally posted by xuannnn at 2021-09-15 08:59:33
谢谢,我的物种没有参考基因组,但是已经组装成unigene,有方法可以把某一基因的表达量调出来吗(新手小白求教)
...

如果有人做过转录组分析,你可以根据相关基因把表达量结果提取出来,没人做的话,就只能只有自己提RNA,做定量

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6楼2021-09-15 15:56:00
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kobee57

新虫 (小有名气)

根据物种参考基因组,设计引物把野生型和突变株基因cds扩出来就行了啊

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2楼2021-09-15 00:07:46
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kobee57

新虫 (小有名气)

你的两个材料没有组装成基因组,所以不可能提取你想要的序列。

发自小木虫IOS客户端
3楼2021-09-15 00:08:47
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xuannnn

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kobee57 at 2021-09-15 00:07:46
根据物种参考基因组,设计引物把野生型和突变株基因cds扩出来就行了啊

谢谢,我的物种没有参考基因组,但是已经组装成unigene,有方法可以把某一基因的表达量调出来吗(新手小白求教)

发自小木虫Android客户端
4楼2021-09-15 08:59:33
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