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[求助]
想向各位大佬请教一下怎么正确使用网站提供的势函数文件。
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各位大佬，我导师想让我做Co-Pt沉积的分子模拟，我在interatomic potentials repository上找到了Co-Pt的MEAM势函数文件，通过将数据拷贝到清空内容的原本势函数文件里，但是程序一直无法运行，每次到pair_coeff就会出现error，显示如下：incorrect args for pair coefficient。 然后我对查了错误手册，说是初始模型问题描述很短。然后我对in文件做了一些改动，比如将meam/c改为meam，不行。将网站的liburary.meam 中关于两个元素的数据复制进原本的liburary.meam也不行，将pari style与pair_coeff 移动到分层建模的命令前面，也不行。 模拟卡在这里已经很久了，我实在不知道怎么办了，希望各位大佬帮帮孩子吧，球球了，研二了我现在只想毕业。 这是我的in文件 ##Co deposited on Co #mpirun -np 16 ./lmp_g++_mpich<Co.txt #定义数值 variable lat_a equal 2.51 variable lat_c equal 4.10 variable lat_x equal 20*${lat_a} variable lat_y equal 20*${lat_a} variable lat_z equal 50*${lat_c} variable lat_z1 equal 1*${lat_c} variable lat_z2 equal 2*${lat_c} variable lat_z3 equal 3*${lat_c} variable lat_z4 equal 49*${lat_c} #定义晶格 units meta ldimension 3 atom_style atomic boundary p p f neighbor 0.5 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes #创建格子 region bbox block 0 ${lat_x} 0 ${lat_y} 0 ${lat_z} units box create_box 4 bbox #创建Co基底 lattice hcp ${lat_a} region lbox block 0 ${lat_x} 0 ${lat_y} 0 ${lat_z3} units box create_atoms 1 region lbox #定义基板功能区 region sput block 2 50 2 50 ${lat_z4} ${lat_z} units box #沉积原子产生区 group sput region sput region stable block INF INF INF INF 0.0 ${lat_z1} units box #固定层 group stable region stable region relax block INF INF INF INF ${lat_z1} ${lat_z2} units box #热控制层 group relax region relax region free block INF INF INF INF ${lat_z2} ${lat_z3} units box #自由层 group free region free #摩尔质量设置 mass 1 58.93 mass 2 58.93 mass 3 195.1 #力场设置 pair_style meam/c pair_coeff * * library.meam Pt Co PtCo.meam Co Co Pt #计算原子温度 compute KE all ke/atom variable KB equal 8.625e-5 variable TEMP atom c_KE/1.5/${KB} #输出原子信息 dump 1d all custom 1000 dump.diposite id type x y z v_TEMP #屏幕输出信息设置 reset_timestep 0 thermo 5000 thermo_style custom step pe ke etotal temp vol press #固定底部原子，防止在沉积过程中移动 fix s1 stable setforce 0.0 0.0 0.0 #能量最小化 min_style cg minimize 1e-8 1e-8 10000 10000 #温度初始化 velocity other create 298 39849 mom yes rot yes dist gaussian #nvt系综下进行弛豫 fix 1 all nvt temp 298.00 298.0 10.0 run 20000 #沉积前设定 unfix 1 fix 1 relax nvt temp 298.00 298.00 10.0 fix 2 free nve #沉积原子类型为2，数量500个 fix 3 all deposit 500 2 100 95485 region sput near 2.51 vz -0.5 -1.5 #为生成的原子添加温度 fix 4 sput temp/csvr 1653.00 1653.00 100 #删除飞出box外的原子 thermo_modify lost ignore flush yes run 100000@smutao@oxox6085 |
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