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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何确定已得到一基因序列全长
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蓝色苹果

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 如何确定已得到一基因序列全长

我用的是3'RACE和5'RACE试剂盒得到的可能的基因全长序列，可是两端不知道到不到头，该怎样确定，各位大侠有谁知晓，请多指教
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知识是需要不断的积累和交流的。
1楼 2009-08-20 01:00:48
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用NCBI的ORF  finder 或者DNAman 查找 ORF,要找上游元件的话还得看你的序列获得长度是否足够.
祝好运.
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2009-08-20 01:22:57
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anik

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
3'端好识别，有PLOY（A）就对了。对于植物来说，ORF上游有编码AT框也可。。。
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3楼2009-08-20 07:24:41
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rural2084

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
同意2楼观点，寻找是否有一个完整的开放阅读框，就是从起始密码到终止密码
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4楼2009-08-20 09:13:50
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zfszheng

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ORF并不能说明是否已经得到了全长了，必须要确定5和3端的特殊序列。
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5楼2009-08-20 09:55:22
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zhaocy8903

木虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
有时根据其他的同源基因序列也可得出一些有用的信息
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6楼2009-08-20 10:02:45
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蓝色苹果

铁杆木虫 (小有名气)
我觉得光找ORF不够吧，3'端有PLOY（A），5'端有“帽子结构”，这个帽子结构是什么？生化书上说的太复杂，看不懂，有经验之谈吗？
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知识是需要不断的积累和交流的。
7楼2009-08-22 21:01:52
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fishing2939

新虫 (初入文坛)
3端可以通过网站预测加尾信号和poly A尾来判断
但是我一直不知道5端怎么确定是否全呢
请各位指教
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8楼2009-08-22 22:21:04
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